课程名称(中文):计算机辅助药物分子设计
课程名称(英文):Computer-Aided Drug Design
课程编码:211306
开课学院:理学院
授课对象:硕士研究生
任课教师:付颖
学时:32 学分:2 学期:第二学期
课程类型:选修课
开课学期:第2学期
考核方式:考试
预修课程:有机化学,普通化学,高等数学
面向学科:应用化学、农药学、动物药学、动物医学
课程简介:
一、教学目的与基本要求:(150字以内)
本课程主要介绍计算机辅助药物设计的入门知识,通过介绍计算化学的基本理论、概念与方法,计算机辅助药物设计的数据库系统、相关测定技术等,使学生能够学会基本的药物设计方法,对计算机辅助药物设计有初步的认识,了解计算机辅助药物设计的应用范围,拓宽学生的知识面,并将所学知识与科研课题相结合。
二、课程内容与学时分配
1. 课程主要内容:
本课程以课堂讲授为主,主要讲授计算机辅助药物设计的入门知识,药物设计的基本概念与方法,数据库系统、理论计算基础、常用计算方法、相关测定技术以及对软硬件的要求等。重点讲解计算机辅助药物设计的意义、作用和基本研究方法,同时介绍一些计算化学常用软件、使用方法及应用范围。选用一些典型的成功应用计算机辅助药物分子设计的实例,将理论与农药分子设计相结合,并介绍最新的国内外研究成果,反映计算化学学科发展前沿。
2. 课程具体安排:(按教学章节编写,重点章节下划线)
章节
教学内容
教学环节学时分配
讲授
自学
讨论
实验
上机
其他
第一章计算机在药学相关学科中的应用简介
1.1 现代药物研究的四大支柱
1.2 计算机辅助药物分子设计
3
1
第二章药物的化学信息计算机系统
2.1二维化学信息数据库
2.2三维化学信息数据库
2.3合成反应信息管理软件及数据库
2.4生物信息数据库和软件
2.5药物的生物和化学信息网络资源
2
第三章有关理论计算、技术和设备
3.1理论计算基础
3.2分子力学
3.3分子动力学
4
第四章药物设计的基本概念和理论基础
4.1先导化合物的产生
4.2先导化合物取代基的优化技巧
4.3生物等排取代
4.4生物合理设计
4.5药效团
4
1
1
第五章定量构效关系方法研究
5.1二维定量构效关系方法
5.2建立定量构效关系模型的统计方法
5.3三维定量构效关系方法
5.4定量构效关系方法的应用
4
第六章药效团模型法
6.1药效团模型的表达
6.2药效团模型的识别
6.3基于药效团模型的数据库搜索
6.4药效团识别系统
3
1
第七章分子对接方法
7.1分子对接基本原理
7.2几种有代表性的分子对接方法
4
第八章计算机辅助药物设计应用实例
8.1 ALS抑制剂的研究——QSAR研究和药效团模型法间接药物设计
8.2 AChE抑制剂的研究和设计—QSAR研究和药物作用模型分析
8.3三唑类杀菌剂的设计研究—CoMFA法3D-QSAR研究
8.4硫代氨基甲酸酯类化合物的结构与除草活性研究
8.5光合系统Ⅱ电子传递抑制剂的分子设计
2
1
1
三、实践环节内容与要求
每章结束后,要求在查阅相关资料的基础上,完成本章内容的总结,并提交相关资料。
四、教材及主要参考文献(顺序为:文献名,作者,出版时间,出版单位):
1.计算机辅助药物设计导论 叶德泳主编 2004 化学工业出版社
2.农药分子设计 杨华铮主编 2003 科学出版社
3.计算机辅助药物分子设计 徐筱杰主编 2004 化学工业出版社
4.杨华铮,邹小毛,朱有全,现代农药化学,化学工业出版社,2013
5. COMPUT AIDED DESIGN [J]
6. COMPUT BIOL CHEM [J]
7. COMPUT BIOL MED [J]