1、首先二者都属于ORM映射框架
2、 hibernate是全自动，而mybatis是半自动。
hibernate完全可以通过对象关系模型实现对数据库的操作，拥有完整的JavaBean对象与数据库的映射结构来自动生成sql。而mybatis仅有基本的字段映射，对象数据以及对象实际关系仍然需要通过手写sql来实现和管理。
3、 hibernate数据库移植性远大于mybatis。
hibernate通过它强大的映射结构和hql语言，大大降低了对象与数据库（oracle、mysql等）的耦合性，而mybatis由于需要手写sql，因此与数据库的耦合性直接取决于程序员写sql的方法，如果sql不具通用性而用了很多某数据库特性的sql语句的话，移植性也会随之降低很多，成本很高。
4. hibernate拥有完整的日志系统，mybatis则欠缺一些。
hibernate日志系统非常健全，涉及广泛，包括：sql记录、关系异常、优化警告、缓存提示、脏数据警告等；而mybatis则除了基本记录功能外，功能薄弱很多
5. mybatis相比hibernate需要关心很多细节
hibernate配置要比mybatis复杂的多，学习成本也比mybatis高。但也正因为mybatis使用简单，才导致它要比hibernate关心很多技术细节。mybatis由于不用考虑很多细节，开发模式上与传统jdbc区别很小，因此很容易上手并开发项目，但忽略细节会导致项目前期bug较多，因而开发出相对稳定的软件很慢，而开发出软件却很快。hibernate则正好与之相反。但是如果使用hibernate很熟练的话，实际上开发效率丝毫不差于甚至超越mybatis。
6. sql直接优化上，mybatis要比hibernate方便很多
由于mybatis的sql都是写在xml里，因此优化sql比hibernate方便很多。而hibernate的sql很多都是自动生成的，无法直接维护sql；虽有hql，但功能还是不及sql强大，见到报表等变态需求时，hql也歇菜，也就是说hql是有局限的；hibernate虽然也支持原生sql，但开发模式上却与orm不同，需要转换思维，因此使用上不是非常方便。总之写sql的灵活度上hibernate不及mybatis。
7、mybatis 二级缓存机制不佳，hibernate有更好的二级缓存机制，可以使用第三方缓存。
8、Hibernate的调优方案
制定合理的缓存策略；
尽量使用延迟加载特性；
采用合理的Session管理机制；
使用批量抓取，设定合理的批处理参数（batch_size）;
进行合理的O/R映射设计
Mybatis调优方案
MyBatis在Session方面和Hibernate的Session生命周期是一致的，同样需要合理的Session管理机制。MyBatis同样具有二级缓存机制。 MyBatis可以进行详细的SQL优化设计。
9、SQL优化方面
Hibernate的查询会将表中的所有字段查询出来，这一点会有性能消耗。Hibernate也可以自己写SQL来指定需要查询的字段，但这样就破坏了Hibernate开发的简洁性。而Mybatis的SQL是手动编写的，所以可以按需求指定查询的字段。
Hibernate HQL语句的调优需要将SQL打印出来，而Hibernate的SQL被很多人嫌弃因为太丑了。MyBatis的SQL是自己手动写的所以调整方便。但Hibernate具有自己的日志统计。Mybatis本身不带日志统计，使用Log4j进行日志记录。
10、抓取策略
Hibernate对实体关联对象的抓取有着良好的机制。对于每一个关联关系都可以详细地设置是否延迟加载，并且提供关联抓取、查询抓取、子查询抓取、批量抓取四种模式。 它是详细配置和处理的。
而Mybatis的延迟加载是全局配置的。
11、缓存机制对比
Hibernate缓存
Hibernate一级缓存是Session缓存，利用好一级缓存就需要对Session的生命周期进行管理好。建议在一个Action操作中使用一个Session。一级缓存需要对Session进行严格管理。
Hibernate二级缓存是SessionFactory级的缓存。 SessionFactory的缓存分为内置缓存和外置缓存。内置缓存中存放的是SessionFactory对象的一些集合属性包含的数据(映射元素据及预定SQL语句等),对于应用程序来说,它是只读的。外置缓存中存放的是数据库数据的副本,其作用和一级缓存类似.二级缓存除了以内存作为存储介质外,还可以选用硬盘等外部存储设备。二级缓存称为进程级缓存或SessionFactory级缓存，它可以被所有session共享，它的生命周期伴随着SessionFactory的生命周期存在和消亡。
MyBatis缓存
MyBatis 包含一个非常强大的查询缓存特性,它可以非常方便地配置和定制。MyBatis 3 中的缓存实现的很多改进都已经实现了,使得它更加强大而且易于配置。
默认情况下是没有开启缓存的,除了局部的 session 缓存,可以增强变现而且处理循环 依赖也是必须的。要开启二级缓存,你需要在你的 SQL 映射文件中添加一行:
<cache/>
字面上看就是这样。这个简单语句的效果如下:
映射语句文件中的所有 select 语句将会被缓存。
映射语句文件中的所有 insert,update 和 delete 语句会刷新缓存。
缓存会使用 Least Recently Used(LRU,最近最少使用的)算法来收回。
根据时间表(比如 no Flush Interval,没有刷新间隔), 缓存不会以任何时间顺序 来刷新。
缓存会存储列表集合或对象(无论查询方法返回什么)的 1024 个引用。
缓存会被视为是 read/write(可读/可写)的缓存,意味着对象检索不是共享的,而 且可以安全地被调用者修改,而不干扰其他调用者或线程所做的潜在修改。
所有的这些属性都可以通过缓存元素的属性来修改。
比如: <cache eviction="FIFO" flushInterval="60000" size="512" readOnly="true"/>
这个更高级的配置创建了一个 FIFO 缓存,并每隔 60 秒刷新,存数结果对象或列表的 512 个引用,而且返回的对象被认为是只读的,因此在不同线程中的调用者之间修改它们会 导致冲突。可用的收回策略有, 默认的是 LRU:
LRU – 最近最少使用的:移除最长时间不被使用的对象。
FIFO – 先进先出:按对象进入缓存的顺序来移除它们。
SOFT – 软引用:移除基于垃圾回收器状态和软引用规则的对象。
WEAK – 弱引用:更积极地移除基于垃圾收集器状态和弱引用规则的对象。
flushInterval(刷新间隔)可以被设置为任意的正整数,而且它们代表一个合理的毫秒 形式的时间段。默认情况是不设置,也就是没有刷新间隔,缓存仅仅调用语句时刷新。
size(引用数目)可以被设置为任意正整数,要记住你缓存的对象数目和你运行环境的 可用内存资源数目。默认值是1024。
readOnly(只读)属性可以被设置为 true 或 false。只读的缓存会给所有调用者返回缓 存对象的相同实例。因此这些对象不能被修改。这提供了很重要的性能优势。可读写的缓存 会返回缓存对象的拷贝(通过序列化) 。这会慢一些,但是安全,因此默认是 false。
一级缓存基于 PerpetualCache 的 HashMap 本地缓存，其存储作用域为 Session，当 Session flush 或 close 之后，该Session中的所有 Cache 就将清空。
二级缓存与一级缓存其机制相同，默认也是采用 PerpetualCache，HashMap存储，不同在于其存储作用域为 Mapper(Namespace)，并且可自定义存储源，如 Ehcache、Hazelcast等。
相同点
Hibernate和Mybatis的二级缓存除了采用系统默认的缓存机制外，都可以通过实现你自己的缓存或为其他第三方缓存方案，创建适配器来完全覆盖缓存行为。
不同点
Hibernate的二级缓存配置在SessionFactory生成的配置文件中进行详细配置，然后再在具体的表-对象映射中配置是那种缓存。
MyBatis的二级缓存配置都是在每个具体的表-对象映射中进行详细配置，这样针对不同的表可以自定义不同的缓存机制。并且Mybatis可以在命名空间中共享相同的缓存配置和实例，通过Cache-ref来实现。
两者比较
因为Hibernate对查询对象有着良好的管理机制，用户无需关心SQL。所以在使用二级缓存时如果出现脏数据，系统会报出错误并提示。
而MyBatis在这一方面，使用二级缓存时需要特别小心。如果不能完全确定数据更新操作的波及范围，避免Cache的盲目使用。否则，脏数据的出现会给系统的正常运行带来很大的隐患。
总结：
mybatis：小巧、方便、高效、简单、直接、半自动
hibernate：强大、方便、高效、复杂、绕弯子、全自动
参考：http://blog.csdn.net/wangpeng047/article/details/17038659
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