linux下，如何从保存多条基因数据的.fa文件中提取特定的一条基因数据？

先描述我的项目内容：

1. 将50bp长的DNA序列进行单次比对（linux环境，算法gapmis已经写好）；
2. 500万个基因序列文件单次比对，会耗费大量I/O时间。为此希望将1万条基因数据保存在一个AT50_1_0.fasta文件中，每一条基因数据单独保存为一行，如下图所示：
3. 依次提取各行数据，并调用比对算法gapmis，输出每一行的比对结果。

---

“将包含一条基因数据的文件依次进行比对，转化成二维数据进行比对”，直接目前存在的问题：

1. linux环境下，是否可以编写c循环程序：对.fa中的文件按行读取？
2. “.fa”文件格式说明：按照“>”标识来界定是否为一条基因数据。如果只有一个“>”，判定只存在一条基因数据；
3. gapsmis程序在linux环境下的比对命令为："./gapsmis -a a.fasta -b b.fasta" （将序列a与序列b进行比对）。换句话说：我们需要修改gapsmis程序接口，将命令中的“文件名”输入形式，转换为“基因字符串”输入形式。

（具体解决