Linux shell 提取wig文件中指定染色体的数据

wig数据通常如下图所示：

UCSC对wig格式的解释链接：https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html

以19号染色体为例，提取wig文件中19号染色体的数据：

cat brain_1_methy.wig | sed -n '/^variableStep chrom=chr19/,/^variableStep chrom=chr2/p'>brain119.wig
sed -i '$d' brain119.wig 
sed -i '1d' brain119.wig>119.txt

解释：

sed -n '/^起始行/,/^结束行/p'    filename  #提取指定行

sed -i '$d' filename  和 sed -i '1d' filename 由于上一个命令会把结束行也加入，所以需要删除最后一行和第一行