题目链接:http://acm.zju.edu.cn/onlinejudge/showProblem.do?problemCode=1027
设f[i][j]为基因1的前 i 个核苷酸与基因2的前 j 个核苷酸匹配所得的最高分数。
则 f[i][j]= max {
f[i-1][j-1]+ score[i][j], //基因1的前 i-1 个核苷酸与基因2的前 j-1 个核苷酸匹配,score[i][j]为核苷酸 i 与核苷酸 j 匹配的得分
f[i-1][j] + score[i][], //基因1的前 i-1 个核苷酸与基因2的前 j 个核苷酸匹配,score[i][]为核苷酸 i 与 空格 匹配的得分
f[i][j-1] + score[][j] //基因1的前 i 个核苷酸与基因2的前 j-1 个核苷酸匹配,score[][j]为 空格 与核苷酸 j 匹配的得分
}
初始条件如下:
f[0][0]=0;
f[i][0]= score[1][]+score[2][]+score[3][]+...+score[i][] ;
f[i][0]= score[][1]+score[][2]+score[][3]+...+score[][i] ;
代码如下:
#include<iostream> using namespace std; int max(int x,int y) { return x>y? x:y; } int f[101][101]; int main() { int score[5][5]={ {5,-1,-2,-1,-3}, {-1,5,-3,-2,-4}, {-2,-3,5,-2,-2}, {-1,-2,-2,5,-1}, {-3,-4,-2,-1,0} }; int N; cin>>N; for(int i=1;i<=N;i++) { int len1,len2,gen1[101],gen2[101]; char c; cin>>len1; int tmp=0; for(int j=1;j<=len1;j++) { cin>>c; if(c=='A') gen1[j]=0; else if(c=='C') gen1[j]=1; else if(c=='G') gen1[j]=2; else if(c=='T') gen1[j]=3; tmp+=score[gen1[j]][4]; f[j][0]=tmp; } cin>>len2; tmp=0; for(int j=1;j<=len2;j++) { cin>>c; if(c=='A') gen2[j]=0; else if(c=='C') gen2[j]=1; else if(c=='G') gen2[j]=2; else if(c=='T') gen2[j]=3; tmp+=score[4][gen2[j]]; f[0][j]=tmp; } //DP COMPUT f[0][0]=0; for(int i=1;i<=len1;i++) { for(int j=1;j<=len2;j++) { f[i][j]=f[i-1][j-1]+score[gen1[i]][gen2[j]]; f[i][j]=max( f[i-1][j]+score[gen1[i]][4],f[i][j] ); f[i][j]=max( f[i][j-1]+score[4][gen2[j]],f[i][j] ); } } cout<<f[len1][len2]<<endl; } return 0; }
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