解析HDF文件

最新推荐文章于 2024-05-19 11:17:02 发布

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文章标签：运维 python 大数据

原文链接：https://my.oschina.net/zhangxc73912/blog/397209

版权

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1.系统环境

centos-6.4 
Python2.6

2.安装步骤

1.检查Python版本

2.安装setuptools

原因：
安装pip时没有setuptools会显示无法安装

步骤：

下载安装包

 http://zhongwei-leg.iteye.com/blog/813753
 sh setuptools-0.6c11-py2.6.egg

3.安装pip

3.1下载

wget "https://pypi.python.org/packages/source/p/pip/pip-1.5.4.tar.gz#md5=834b2904f92d46aaa333267fb1c922bb" --no-check-certifica

3.2 pip安装

tar -xzvf pip-1.5.4.tar.gz
cd pip-1.5.4
python setup.py install

3.3修改pip镜像为国内镜像

cd /root/.pip/
vim pip.conf
[global]
index-url=http://pypi.v2ex.com/simple

注意为了防止以后安装出问题建议检测一下编译环境

  yum install gcc*  make*

4.安装numpy

报错如下：

解决：yum install python-devel

pip install numpy
再次 pip install numpy

5.安装hdf5

5.1下载

   https://github.com/live-clones/hdf5

5.2安装

https://github.com/live-clones/hdf5/blob/master/release_docs/INSTALL

Quick installationFor those who don't like to read ;-) the following steps can be usedto configure, build, test, and install the HDF5 Library, header files,and support programs. For example, to install HDF5 version X.Y.Z atlocation /usr/localf5, use the following steps.
$ gunzip < hdf5-X.Y.Z.tar.gz | tar xf -$ cd hdf5-X.Y.Z$ ./configure --prefix=/usr/localf5 <more configure_flags>$ make$ make check # run test suite.$ make install$ make check-install # verify installation.
Some versions of the tar command support the -z option. In such cases,the first step above can be simplified to the following:
$ tar zxf hdf5-X.Y.Z.tar.gz

6.安装pytsbles

pip install tables

这个报错是因为没有安装numexpr造成的
解决： pip install numexpr

同理：pip install Cython

解决：vi /root/.bash_prefile

export HDF5_DIR=/usr/localf5   该目录是安装hdf5时./configure --prefix所指定到目录
source /root/.bash_profile
pip install tables  //安装成功

可能会出错
>>> import tables
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/tables/__init__.py", line 82, in <module>
    from tables.utilsextension import (
ImportError: libhdf5.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方案
vi /root/.bash_prefile
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/hdf5/lib/