python pickle dump_[python技巧]使用pickle.dump出现memoryError

问题描述:

在使用pickle来持久化将大量的numpy arrays存入硬盘时候,使用pickle.dump方法的时出现MemoryError。

解决办法:

本质原来是因为pickle本身的一些bug,对大量数据无法进行处理,但是在pickle4.0+可以对4G以上的数据进行操作,stack overflow上有人给出了一些解释和分批次写入disk的方法 。

但是我觉得这都是不是一些好办法,最好的办法就是抛弃pickle,使用joblib这个包来实现持久化存储。其主页详细介绍了如何来使用joblib。

简单介绍一下joblib中dump和load的使用,比如如果我们要将一个numpy arrays存入文件:

import numpy as np

data = [('a', [1, 2, 3]), ('b', np.arange(10))]

with open(filename, 'wb') as fo:

joblib.dump(data, fo)

with open(filename, 'rb') as fo:

joblib.load(fo)

joblib还有并行处理和压缩存储等功能,这些都可以在主页找到相应的example。

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Pythonpickle模块是用来实现序列化的,即将Python中的对象转换成字节流,方便存储和传输。pickle模块支持多种协议,其中协议0是最早的版本,协议1和协议2是Pyhton2中引入的,协议3是Python3.0中引入的,协议4是Python3.4中引入的,每个协议都有其特点和适用范围。 下面我们来详细了解一下pickle模块的使用方法和各个协议的特点。 ## 基本用法 pickle模块提供了dumps、dump、loads和load四个函数,分别用来进行序列化和反序列化操作。其中dumps和loads函数可以直接将对象转换成字节流或将字节流转换成对象,而dump和load函数则可以将对象序列化到文件或从文件中反序列化对象。 ### 序列化 将Python对象转换成字节流的过程称为序列化,可以使用dumps函数实现: ```python import pickle data = {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} bytes_data = pickle.dumps(data) print(bytes_data) ``` 输出结果为: ``` b'\x80\x04\x95\x17\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00}\x94(\x8c\x04name\x94\x8c\x03Tom\x94\x8c\x03age\x94K\x12\x8c\x06gender\x94\x8c\x04male\x94u.' ``` 可以看到,data字典被转换成了一串二进制的字节流。 ### 反序列化 将字节流转换成Python对象的过程称为反序列化,可以使用loads函数实现: ```python import pickle bytes_data = b'\x80\x04\x95\x17\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00}\x94(\x8c\x04name\x94\x8c\x03Tom\x94\x8c\x03age\x94K\x12\x8c\x06gender\x94\x8c\x04male\x94u.' data = pickle.loads(bytes_data) print(data) ``` 输出结果为: ``` {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} ``` ### 文件操作 除了使用dumps和loads函数进行序列化和反序列化操作外,pickle模块还提供了dump和load函数用于将对象序列化到文件或从文件中反序列化对象。 将对象序列化到文件: ```python import pickle data = {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} with open('data.pkl', 'wb') as f: pickle.dump(data, f) ``` 从文件中反序列化对象: ```python import pickle with open('data.pkl', 'rb') as f: data = pickle.load(f) print(data) ``` ## 协议0 协议0是最早的版本,它使用ASCII码来表示序列化后的对象,因此序列化后的数据比较大。使用协议0时,可以指定文件打开模式为't',表示以文本模式打开文件: ```python import pickle data = {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} with open('data.pkl', 'wt') as f: pickle.dump(data, f, protocol=0) with open('data.pkl', 'rt') as f: data = pickle.load(f) print(data) ``` 输出结果为: ``` {'age': 18, 'gender': 'male', 'name': 'Tom'} ``` ## 协议1 协议1和协议2是Python2中引入的,它们使用更紧凑的二进制格式表示序列化后的对象。协议1可以指定文件打开模式为'wb',表示以二进制模式打开文件: ```python import pickle data = {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} with open('data.pkl', 'wb') as f: pickle.dump(data, f, protocol=1) with open('data.pkl', 'rb') as f: data = pickle.load(f) print(data) ``` 输出结果为: ``` {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} ``` ## 协议2 协议2是协议1的改进版本,它支持新的对象类型,如集合、字典等。在Python2中,协议2是默认使用的协议,如果不指定协议号,则使用协议2。 在Python3中,pickle模块默认使用协议3,但仍然可以使用协议2: ```python import pickle data = {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} with open('data.pkl', 'wb') as f: pickle.dump(data, f, protocol=2) with open('data.pkl', 'rb') as f: data = pickle.load(f) print(data) ``` 输出结果为: ``` {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} ``` ## 协议3 协议3是Python3.0中引入的,它支持更多的对象类型,如bytes、bytearray、set等。在Python3中,协议3是默认使用的协议,因此可以省略protocol参数: ```python import pickle data = {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} with open('data.pkl', 'wb') as f: pickle.dump(data, f) with open('data.pkl', 'rb') as f: data = pickle.load(f) print(data) ``` 输出结果为: ``` {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} ``` ## 协议4 协议4是Python3.4中引入的,它支持更多的对象类型,如memoryview、tuple等。协议4还支持从流中读取指定长度的数据,从而避免了一次性读取太多数据导致内存溢出的问题。 使用协议4时,需要将文件打开模式指定为'xb',表示以二进制模式打开文件,并且不能使用文本模式: ```python import pickle data = {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} with open('data.pkl', 'xb') as f: pickle.dump(data, f, protocol=4) with open('data.pkl', 'rb') as f: data = pickle.load(f) print(data) ``` 输出结果为: ``` {'name': 'Tom', 'age': 18, 'gender': 'male'} ``` ## 注意事项 在使用pickle模块时,需要注意以下几点: - 序列化和反序列化的对象必须是可序列化的,即不能包含不能序列化的对象。 - 序列化和反序列化的对象必须是相同的类型,否则可能会出现错误。 - 序列化和反序列化的对象必须是可信的,否则可能会被注入恶意代码。 - 不同协议之间的兼容性不同,不同协议之间的序列化和反序列化操作不一定是互逆的。因此,在使用不同协议时,需要注意协议号的兼容性和相应的操作。
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