SciPy0.11.0(or higher)安装

  OpenMDao程序依赖scipy并且要求版本在0.11.0以上,安装起来费了一些劲。网上查的可以apt-get install python-scipy安装,但版本只到0.08.0(这里不禁要问源的维护人员搞毛去了,如果支持更高的,根本就不费一点事了)。因此按照OpenMDao官网上给出的教程下载源程序编译安装,然后输入以下几条命令,大概就是让python知道安装了这个包吧:

cd /usr/local/lib/python2.7/dist-packages
sudo find scipy -type d -exec chmod o=rx {} \;
sudo find scipy -type f -exec chmod o=r {} \;

但很遗憾不管用,我的local路径下就没有scipy这个文件,在/usr/lib/python2.7里倒是有,于是cd到那个路径下如是操作,仍是不行。不禁疑惑,难道是没更新好版本,于是查python怎么自动安装第三方程序库,得到pip和easy_install两个方法,都可以在apt-get里安装,选用了pip,先介绍一下三个常用使用方法:

pip install  abc         安装
pip uninstall  abc       卸载
pip freeze               列出第三方库及版本号       

可惜scipy仍是安装不成功。怀疑是安装的python版本太多导致的。

  回宿舍后用自己的本试,本上只装了python2.7.3。这次没感贸然行事,百度了多种方法,才知道scipy还要依赖blas,lapack,atlas这些非python库(这个难道不是一开始就该搞清楚的吗?!)。据说atlas不好装,于是翻看scipy的install.txt(这也应该是在开始安装前研读的!),它说sudo apt-get install python python-dev libatlas3-base-dev gcc gfortran g++能解决所有的依赖库,试之发现没有libatlas3-base-dev,只好装了个libatlas-base-dev,保险起见又把blas和lapack装了,pip install scipy竟然通过了!接着安装OpenMDao竟然也ok了(提示没有zmq.h,不知道是什么东西)。以后安装这些玩意,先要搞清依赖关系,先把没安装的依赖库装上再折腾其他的。

转载于:https://www.cnblogs.com/cfdljc/p/4141886.html

SciPy (pronounced "Sigh Pie") 是一个开源的数学、科学和工程计算包。 [转载]正确安装Scipy-0.9和numpy-1.6 http://blog.sina.com.cn/s/blog_7948610e0100tbr9.html 在64位的Linux集群上安装scipy0.9是一个很头疼的问题,因为scipy需要依赖于第三方软件包,例如atlas、blas等。本文以假设第三方软件包已经安装,但是它们均没有在相应的系统环境变量下,因此需要生成相应的配置文件。 1.安装numpy-1.6 在安装scipy-0.9之前,需要安装numpy包,这里选用numpy-1.6版本,安装步骤如下: export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:path/site-packages /opt/blc/python-2.6.5/bin/easy-install-2.6 -d path/site-packages numpy-1.6.0b2.tar.gz 如果一切顺利的话,可以在path/site-packages下看到一个以numpy开头的文件夹。 注:path/site-packages是用户指定的安装目录。 2.安装scipy-0.9 scipy依赖于atlas, 因此需要创建一个配置文件保证在安装scipy-0.9的时候能够确保它找到atlas,具体步骤如下: (1).进入1中安装好的numpy目录下的子文件夹distutils,该目录下有名为site.cfg的文件,如果不存在,可以自行创建site.cfg,之后在site.cfg里面添加如下内容: [atlas] library_dirs = /opt/blc/atlas-3.8.3/lib include_dirs = /opt/blc/atlas-3.8.3/include 完成后保存即可。 (2). /opt/blc/python-2.6.5/bin/easy-install-2.6 -d path/site-packages scipy-0.9.0.tar.gz 等待几分钟后,安装完毕。 注:由于scip-0.9和numpy-1.6均未安装到系统目录下,因此需要设置PYTHONPATH环境变量,确保python解释器能够正确加载scipy和numpy,具体做法如下: 在个人home目录的.bashrc里面添加如下语句: export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:path/site-packages GATK常用链接 http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Preparing_the_essential_GATK_input_files:_the_refe
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