20070713 19:40
R脚本对内存要求太高,只得用了台8G的linuxOS的机子才勉强能运行。
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实践
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远程linux:(终端用SecureCRT,传送文件用SSH Secure File Transfer Client
用ssh软件登陆 IP/用户名/密码
使用SSH Secure File Transfer Client 进行传输文件,很简单
使用SSH Secure Shell Client 远程登录 ==这个会出现中文乱码。改用putty 设置字符集为
UTF-8即可
putty复制粘贴麻烦,改用SecureCRT 5.1 (在会话选项-外观-编码=UTF-8)
安装R软件
cd /home/wxh
tar zxvf R-2.5.1.tar.gz
cd R-2.5.1
./configure
make
make check
运行R:
cd bin 当前bin目录下执行
./R 注意是大写的
安装包:
(要先将bin目录添加到环境变量中)
1、R CMD INSTALL package_name.tgz
将tar.gz包全放到一个目录下。
运行这个命令安装全部包:
R CMD INSTALL Biobase_1.14.1.tar.gz affyio_1.4.1.tar.gz
affy_1.14.2.tar.gz annotate_1.14.1.tar.gz
genefilter_1.14.1.tar.gz
RColorBrewer_0.2-3.tar.gz geneplotter_1.14.0.tar.gz
limma_2.10.5.tar.gz pixmap_0.4-7.tar.gz
zoo_1.3-2.tar.gz
sandwich_2.0-2.tar.gz strucchange_1.3-2.tar.gz vsn_2.2.0.tar.gz
tilingArray_1.14.0.tar.gz
GO_1.16.0.tar.gz
davidTiling_1.2.4.tar.gz
2、在R中直接用install.packages()安装
跟perl、python一样,在开始的第一行加上:
#!/usr/bin/env Rscript
另外,在交互式命令下,运行命令:>Rscript xxx.R,也可运行R脚本。xxx.R为R脚本