应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。最常见的就是采集或者新旧数据转化。

解决方案：

在my.cnf文件中添加或者修改以下两个变量

wait_timeout=2880000

interactive_timeout = 2880000

关于两个变量的具体说明可以google或者看官方手册。

如果不能修改my.cnf，则可以在连接数据库的时候设置CLIENT_INTERACTIVE，比如：

sql = "set interactive_timeout=24*3600";

mysql_real_query(...)