为了方便您,我会尝试在硬盘上“pickle”(保存)矩阵,关闭python,然后在命令行中重新打开pickeled文件并在“fresh python”实例上进行计算。在
我会这么做,因为也许你的问题是在计算协方差之前。在import cPickle
import numpy
M = numpy.array([[1,2],[3,4]]) # here it will be your matrix
cPickle( M , open( "~/M.pic", "w") ) # here it's where you pickle the file
在这里关闭python。你的文件应该以“M.pic”的形式保存在你的主目录中。在
^{pr2}$
如果仍然不起作用,请尝试为数据设置一个“良好”的数据类型。默认情况下,numpy seams将使用“int64”的dtype“float64”。这是巨大的,如果您不需要这个精度,您可能需要将它减少到'int32'或'float32'。在import numpy
M = numpy.array([[1,2],[3,4]] , dtype.float32 )
实际上,我可以向您保证C/Fortran不是您的选择。Numpy已经用C/Fortran编写了,可能是比你我聪明的人写的;)
出于好奇,你的母体有多大?你的腌制文件有多大?在