我对编程和计算机世界还不熟悉。我想用MMTK研究生物分子模拟。在
我在Windows 7中运行,并且已经安装了此软件:python-2.5.4
numpy-1.6.2-win32-superpack-python2.5
netCDF4-0.8.2.win32-py2.5
科学python-2.9.0.win32-py2.5
MMTK-2.6.0.win32-py2.5
pywin32-217.win32-py2.7
当我运行这个protein.pymmtk示例时,似乎一切正常。它显示了1000个过程步骤的数量。在
但是当我用view方法运行脚本时,如下所示:from MMTK import *
molecule = Molecule('water')
molecule.view()
然后我得到这样的信息:
^{pr2}$
在互联网上搜索了一些答案后,我得到了这样的信息:“PDB文件的查看器可以由环境变量PDBVIEWER定义。为了显示一个PDB文件,MMTK将执行一个命令,该命令由这个变量的值后跟一个空格和PDB文件的名称组成?变量值是多少?
在我看来,这个环境变量问题就像火星上生命出现的奥秘一样简单。我知道如何改变它,但我不知道该改变什么或何时改变它。阅读维基百科关于这个主题的文章对我没有太大帮助。
所以我想知道的是:在这种情况下,如何修改系统变量?我必须添加一个新变量(PDBVIEWER)还是只添加一个指向现有变量的路径?PDBVIEWER的值路径是什么(不应该是C:\Windows\System32)?在
这是我当前的变量值:
变量名称:
路径
变量值:C:\Program Files (x86)\PC Connectivity Solution\;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;C:\Program Files (x86)\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;%SYSTEMROOT%\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Windows Live\Shared;%PYTHON_HOME%;%PYTHON_HOME%\Scripts;C:\Program Files (x86);C:\Python27\; C:\Python27\Scripts;C:\Python25\DLLs
我还有一个Python变量:PYTHON_HOME,它的值是:C:\Python27(尽管我在MMTK中使用Python25)。在
对于一个有经验的程序员来说,这个问题可能显得微不足道。但对它的答案可能对其他人非常有用。有许多生物学家、生化学家和药剂师对使用计算方法解决他们的问题感兴趣。这些专业人士并不总是在附近有一个计算机科学家(尤其是在不发达国家)。在
克服这个最初令人沮丧的bug和安装问题对许多人的科学事业至关重要。这个问题的答案会对他们有所帮助。在
提前谢谢。在
如果这个论坛不适合这个级别的问题,请给我一个反馈。在