docker安装gamit_Ubuntu下安装gamit

2019-3-3修正

注:我这里用的是gamit10.5，系统是Ubunt 14。

1、首先安装过程需要全程联网。然后刚安装完的Ubuntu需要首先更改root密码(仅针对装好Ubunt后没有修改过root密码的用户，如果修改过密码，但是忘掉了，则请进入单用户模式进行修改)。打开命令行(ctrl+alt+t),输入

sudo passed

然后输入两次密码，这个就是修改好的root密码(在输入密码时屏幕不会有任何反应，所以不要以为键盘坏了或者系统有问题)。然后在输入

su root

紧接着输入root密码就获取root权限了。

2、gamit安装需要csh(tcsh)环境、 GNU gfortran 4.2编译器和libx11－dev库。

gfortran是软件推荐使用的编译器，ubuntu系统自带了gcc4.2，但是却没有安装gfortran编译器。

libx11-dev是X11的程序开发库，它提供的lib.h和 libx11.a(libx11.so)是Gamit安装必须用到的两个库文件，主要是为Globk的提供图形库支持。

csh并不是必须的，可以用bash  shell，但是必须要有csh，因为gamit的脚本均是csh写的，所以需要csh支持。不过可以在bash下面执行，我推荐安装csh，但是使用bash。

3、下面开始安装这三部分组件：

安装csh，因为有的人是刚装完系统，所以下面有些组件在输入命令后，系统会提示找不到安装包，所以这里我们先更新一下系统软件列表：

打开终端，输入

sudo apt-get update

更新完成后，接着输入：

sudo apt-get install csh

系统自动下载并安装csh

接下来就是要是切换csh，我建议跳过这一步

安装完成后在终端输入

chsh

提示：正在更改 root 的 shell

输入当前用户密码后，开始登录 Shell [/bin/bash]:

紧接着输入命令：

/bin/csh

修改bash为csh。重新起动ubuntu，并以root身份登录，打开终端，输入

echo $SHELL

返回s“/bin/csh”,或者说返回的内容中包含csh，则说明shell修改成功

安装gfortran，接着输入

sudo apt-get install gfortran

系统自动下载并安装gfortran。

安装libx11库

sudo apt-get install libx11-dev

系统自动下载并安装libx11-dev库。

4、首先右键将gamit10.5提取到当前文件夹下，然后将gamit10.5复制到/opt文件下，执行：

sudo cp –r /home/wanghui(这里是你的用户名)/桌面/10.5 /opt

5 、给install_software赋执行权限，输入命令：

cd  /opt/10.5

sudo chmod 777 ./install_software

6 、运行安装脚本，输入命令：

sudo ./ install_software

这时会提示你输入y/n继续，按y继续，然后会安装，接着会再次提示你输入y/n，(10.6中会提示是否将更新应用到……，这时候按y就行)他是问你目录配置是否正确，这里先不要急着输入，首先看终端中的x11libpath和x11incpath后面有没有显示具体路径，如果有，就不要动，如果没有，就按下n，这时他会再次搜索，当完成后，终端上x11libpath和x11incpath应该就有路径了。

注：

如果这里仍然没有提示路径，就请回到第2步，gamit会搜索x11lib库

如果实在找不到，就用这个路径：x11libPath:/usr/lib/x86_64-linux-gnu

x11incpath:/usr/include)

这时候他会再次提示你输入y/n。这时另打开一个终端，将x11libpath和x11incpath路径拷贝过去：

cd /opt/gamit10.6/libraries

进入到这个目录中，输入命令：

sudo gedit Makefile.config

然后就会弹出一个文件编辑器，类似于windows下的记事本，我们需要修改一下三个地方：

第一点，修改x11libpath和x11incpath，如下图所示：

修改后的(忽略界面，图是后期补的)

第二点，需要修改gamit的内部参数了，在这里我们只需要将MAXATM改为25即可(MAXATM就是最大测站数，这里如果不改，后期更改就要重新安装!)。如图:

第三点就是修改操作系统的版本号。新开一个终端，输入命令：

uname -a

可以查看到系统的版本号，如图：

这个图中，操作系统版本号4.4.0-45，我们只取前四位即4404，记住它。把文件往下拉，就能看到OS dependeent blocks字样，一直往下拉，找到for linux from 0.01 to 3.0.0字样，然后我们修改OS_ID Linux 0001 3001中的"3001"字样，记住只修改它，把它替换为4404，然后保存关掉。

这里如果不修改，会立刻报错：

第四点(一般都是64位)，如果你的电脑是32位的，那么就要将该文件中的全部m64改为m32，另外 /opt/10.6/gamit/solve/Makefile.generic该文件中的所有m64也要改为m32。

6、在回到刚才安装gamit的终端中，按y继续安装，中间会等一段时间，最后它会问你是否创建gg的链接文件，类似于windows下的快捷方式，按y确定。安装完成后，它会提示你不要忘记设置环境变量，如图：

(Don't forget to set your : path to include /opt/gamit10.5/gamit/bin and /opt/gamit10.5/kf/bin

: HELP_DIR environment variable in you shell profile

(in .cshrc/.tcshrc add: setenv HELP_DIR /opt/gamit10.5/help/)

: INSTITUTE evnironment variable in your shell profile

(in your .cshrc/.tcshrc add: setenv INSTITUTE where_i_work)

where_i_work is a 3 character identifier for your solutions)

如果使用bash，就跳过第７步

7、配置gamit的命令路径，这一步也很重要，如果没配置好，上面的就都白做了。如果使用csh安装gamit的，则需要在主文件目录下，首先按一下ctrl+h，显示隐藏文件。然后新建一个空白文档，并重命名为.cshrc(带.表示是隐藏文件)(==因为你刚装到csh shell，还没有这个文件)，双击那个新建的cshrc文件，复制下面的内容到该文件中：

# /etc/csh.cshrc: system-wide .cshrc file for csh(1) and tcsh(1)

# set prompt

#set prompt = "[`echo $USER@$cwd`]% "

set history = 50

#set system path

#set path = (. /bin /sbin /etc /usr/bin /usr/sbin /usr/bin/X11 /usr/X11R6/bin)

set path = (. /bin /sbin /etc /usr/bin /usr/sbin)

set path = (/usr/local/bin /usr/local/sbin /usr/local/lib /usr/lib $path)

setenv PATH "/usr/sbin:/sbin:${PATH}"

#setenv MANPATH /usr/local/man:/usr/X11R6/man

setenv LIBPATH /usr/lib:/usr/local/lib

#set Gamit/Globk path

set gamitpath = /opt/gg

set path = ($gamitpath/gamit/bin $gamitpath/kf/bin $gamitpath/com $path)

setenv HELP_DIR $gamitpath/help/

setenv _POSIX2_VERSION 199209

#set GMT path

#set gmtpath = /usr/lib/gmt

#set path = ($gmtpath/bin $gmtpath/include $gmtpath/lib $gmtpath/man $gmtpath/share $gmtpath/www $path)

#set path = (/etc/gmt /usr/include/gmt /usr/lib/gmt /usr/share/gmt /usr/share/doc/gmt $path)

#setenv MANPATH "$gmtpath/man:$MANPATH"

#set full domain for GAMIT shell-scripts used to transfer data (sh_get_nav, sh_get_rinex, #sh_get_orbits, and

# sh_get_hfiles)

set host = `\hostname | \awk -F. '{print $1}'`

set dom = `\hostname | \awk -F. '{print $2}'`

if( $dom == '' ) then

alias hostname 'echo $host.mit.edu'

endif

# set alias

# alias cd 'cd \!*; set prompt= '[`echo $USER@$cwd`]%''

alias pwd 'echo $cwd'

alias ls 'ls --classify'

alias ll 'ls -l'

alias la 'ls -a'

alias rm 'rm -i'

alias mv 'mv -i'

alias cls 'clear'

然后先不要关闭文件，先把set gamitpath=/opt/gamit10.6改成你自己的安装目录，然后保存。回到终端，输入命令：

source ~/.cshrc

然后输入命令：

echo $PATH

如果终端显示的path路径中有gamit路径，那么就表示成功。然后新开一个终端，输入命令：

doy

若显示command not found则表示安装失败，如果显示一大堆信息，则表示安装成功。

bash用户配置

8、bash的路径配置。

配置普通用户的环境变量，打开终端，输入：

gedit ~/.bashrc

文件末尾输入：

export PATH=$PATH:/opt/gamit10.5/gamit/bin:/opt/gamit10.5/com:/opt/gamit10.5/kf/bin:/opt/gamit10.5/lib

export HELP_DIR=/opt/gamit10.5/help/

然后保存即可。

更改root用户的环境变量，否则root用户无法使用gamit。

输入命令

sudo gedit /root/.bashrc

在文件最后输入

export PATH=$PATH:/opt/gamit10.5/gamit/bin:/opt/gamit10.5/com:/opt/gamit10.5/kf/bin:/opt/gamit10.5/lib

export HELP_DIR=/opt/gamit10.5/help/

保存即可，如下图所示：

重启系统即可完成安装！

注：

如果中间安装失败，直接把安装目录删掉重新安装即可。

邮箱：imhwang@126.com，欢迎交流gamit使用。