从事生物信息分析,经常遇到不同分析流程使用的软件版本不同,软件版本升级,这就导致环境变量非常的难以维护,其实最好的方法就是针对每一个流程,做到环境的隔离。
我这里推荐采用Docker 容器化技术,就是将系统,软件,代码打包到一个虚拟的环境中,每次分析,都是在虚拟环境中进行。
为什么推荐采用Docker 呢? 因为Docker 的以下优点:
1. 比较轻量级:相对于虚拟机这样的技术来说,docker 比较轻量级,占用的额外资源少
2. 容易维护: 采用Docker file 定义环境,方便更新和共享
3. 操作简单: Docker 的操作非常的简单,学习成本低
以linux为例,简单介绍一下在linux 上安装Docker, 以及docker 的一些简单命令
1. 安装Docker
Docker 具有跨平台性,能在Linux, Mac OS, Windows上安装和运行。安装方法可以参考Docker 官方说明
2. Docker的使用
Dokcer 的使用命令可以参考“Docker—从入门到实践”。