mysql 5.7 开启innodb_MySQL从5.5升级到5.7后innodb_file_per_table默认开启问题

最近将数据库从库从5.5升级到5.7,发现储存MySQL磁盘空间一下子占用变大了很多，排查了一下发现是升级后MySQL的系统表空间(ibdata1)很大[原本就很大],单个innodb表的表空间也变得很大[升级后变大]，正常情况下应该只有一方会很大(系统的MyISAM表不多)

具体情况如下:

升级前，mysql数据库5.5，innodb_file_per_table使用默认配置，即是关闭的，innodb的表和索引都存储在一起(ibdata1文件很大)；

升级到5.7时，innodb_file_per_table仍使用默认配置，但是默认是开启的，升级时使用mysql_upgrade后，每个表使用了独立的表空间，即每个数据库文件夹下的表空间文件很大，但是原本的系统表空间ibdata1并没有对应的变小。

查询手册发现：

在mysql5.5的时候innodb_file_per_table配置是默认关闭的，

但是数据库升级到5.7的时候，innodb_file_per_table配置默认开启了(其实在mysql5.6.6的时候就默认开启了)，

官网说明：http://dev.mysql.com/doc/refm...

请问有没有方法在不重新导入数据的情况下(重新导入耗时太长)，使原本的系统表空间ibdata1文件变小。