蛋白对接_【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接（Vina）

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算，研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

预备知识

分子对接的算法流程

1. 将配体放置在受体口袋中，搜索/调整配体构象，获得可能的结合构象；
2. 对每种结合构象进行打分评估，筛得若干最佳打分构象，称为姿势（Pose）或模式（Mode）。

定义口袋

该步骤的目的是告知程序在受体中哪个区域进行分子对接。

方式：设置一个盒子将口袋包裹住，配体分子将在此盒子内进行分子对接（搜索构象和打分评价）。

计算模式

本方案提供3种计算模式：

• 柔性配体对接
  这是最主要、最常用的功能，对应的是上述分子对接算法流程中的两个环节。
• 原位优化
  当配体分子（的坐标）已在口袋中，使用该模式可在受体存在的情况下，优化配体的构象并获得打分。
  常用于优化晶体结构中的配体、手动对接或其他软件对接的结果、研究局部化学修饰对配体结合的影响。
• 打分评价
  当配体分子（的坐标）已通过某种方式位于口袋，使用该模式对其结合构象进行打分评价。
  常用于比较不同软件的对接结果、评价某种结合构象的优劣。

对接打分

Autodock Vina的对接打分是Affinity，该值越小表示结合力越强。通常有