python中常见单词意思_Python中经常使用的单词

您可以先定义一个函数来获取字符串中的所有k-mer：

def get_all_k_mer(string, k=1):

length = len(string)

return [string[i: i+ k] for i in xrange(length-k+1)]

然后你可以使用collections.Counter来计算每个k-mer的重复次数：

>>> from collections import Counter

>>> s = 'GATCCAGATCCCCATAC'

>>> Counter(get_all_k_mer(s, k=2))

输出：

Counter({'AC': 1,

'AG': 1,

'AT': 3,

'CA': 2,

'CC': 4,

'GA': 2,

'TA': 1,

'TC': 2})

另一个例子 ：

>>> s = "AAAAAA"

>>> Counter(get_all_k_mer(s, k=3))

输出：

Counter({'AAA': 4})

# Indeed : AAAAAA

^^^ -> 1st time

^^^ -> 2nd time

^^^ -> 3rd time

^^^ -> 4th time