beast软件linux用法,Debian,Ubuntu等为BEAST安装beagle库

Debian系列和Ubuntu系列Linux平台安装BEAST，配置beagle加速库。

其他发行版以及更具体的信息参考

sudo apt-get install build-essential autoconf automake libtool git pkg-config htop openjdk-8-jdk

git clone --depth=1 https://github.com/beagle-dev/beagle-lib.git

cd beagle-lib

./autogen.sh

./configure --prefix=$HOME

make install

cd

#下载BEASTv1.10.3并解压

wget https://github.com/beast-dev/beast-mcmc/releases/download/v1.10.3/BEASTv1.10.3.tgz

tar zxvf BEASTv1.10.3.tgz

sudo vim .bashrc

#按i进入编辑模式，将以下内容粘贴进去，切换到大写键盘，双击Z保存退出。

##以下是粘贴到.bashrc的内容，其中googleyun1和BEASTv1.10.3根据自己的用户名和BEAST版本以及所在路径进行更改

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

export PATH=$PATH:/home/googleyun1/BEASTv1.10.3/bin

export CLASSPATH=.:/home/googleyun1/BEASTv1.10.3/lib

##以下是粘贴到.bashrc的内容

#更新.bashrc

source .bashrc

#测试beagle是否安装成功

beast -beagle_info

安装成功则显示类似如下格式信息

BEAGLE resources available:

0 : CPU

Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE ...

1 : Intel(R) HD Graphics 530

Global memory (MB): 1536

Clock speed (Ghz): 1.05

Number of compute units: 24

Flags: PRECISION_SINGLE COMPUTATION_SYNCH ...

2 : Tesla K40c

Global memory (MB): 11520

Clock speed (Ghz): 0.74

Number of cores: 2880

Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE ...

安装过程中常见问题

已经安装了正确版本的jdk，但是程序仍然调用其他版本的java或找不到java

解决方案1.改变默认java版本

解决方案2.暂时添加正确版本变量