windows php-beast安装,BEAST安装使用教程（Windows版）

简介

BEAST 2是用于分子序列的贝叶斯系统发生分析的跨平台程序。它使用严格或宽松的分子时钟模型来估计有根的，经过时间测量的系统发育。

它可以用作重建系统发育的方法，但它也是测试进化假设的框架，而无需以单个树形拓扑为条件。BEAST 2使用马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)在树空间上求平均，因此每棵树的权重均与其后验概率成正比。BEAST 2包括用于设置标准分析的图形用户界面和用于分析结果的一套程序。

下载beast

建议下载带java的版本，如果windows本地已有java环境，下载非java版本即可。

解压缩

使用解压缩工具解压缩BEAST_with_JRE.v2.6.2.Windows.zip即可，比如我们解压到了D盘，目录为D:\BEAST

配置Java

在windows下配置Java，就是设置系统环境变量即可，相关教程很多，下面还是赘述一下：

1.在开始菜单找到编辑系统环境变量

2.选择环境变量

3.在系统变量部分选择新建

4.输入变量名和变量值，如下图：

变量名：Java_Home

变量值：D:\BEAST\jre

5.修改Path环境变量，找到后选择编辑

6.在编辑环境变量页面选择新建

7.在输入位置写上Java的目录，然后点击确定

Java命令所在目录：%Java_Home%\bin

8.我们在选择新建，这次添加名为CLASSPATH的变量

变量名：CLASSPATH

变量名：.;%Java_Home%\bin;%Java_Home%\lib\dt.jar;%Java_Home%\lib\tools.jar

9.最后，我们点击确定即可。

运行Beast按快捷键Win+R，输入cmd，进入命令行

输入d:后回车，进入D盘

输入cd BEAST进入BEAST的解压目录

输入运行命令java -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar .\examples\testBSP.xml，即可运行。

这里详细说明一下上图中3这一步的含义，

java 是运行java命令

-jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar 是运行名为launcher.jar的模块，其中的%Java_Home%是刚才在系统环境中设置的环境变量，这里不需要更改，因为这个BEAST的压缩包的目录结构就是这样的

.\examples\testBSP.xml是因为在BEAST文件夹下有一个examples文件夹，里面有一个testBSP.xml测试文件

运行其他算例：

打开cmd命令行

使用cd命令进入算例文件input.xml所在目录

运行java命令

1java -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar .\input.xml

程序运行后如下图：

Linux版本

很久前写过Linux版本的使用方法，请参考：BEAST安装使用教程