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序列分析一般程序中的一个实例

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1 对一条新的基因序列进行生物信息学的分析对一条新的基因序列进行生物信息学的分析 前言前言 对从真菌对从真菌Ａ．Ａ．tabescens 中克隆出一个基因的全长中克隆出一个基因的全长 cDNA 进行生物信进行生物信 息的分析，预测这个未知息的分析，预测这个未知 cDNA 的功能．的功能． 目前因特网上有许多生物学信息库，采用不同的算法，对生物学数目前因特网上有许多生物学信息库，采用不同的算法，对生物学数 据进行从序列水平到结构层次，进而到功能的多种分析。本章的分据进行从序列水平到结构层次，进而到功能的多种分析。本章的分 析主要利用这些数据库和相关软件完成。析主要利用这些数据库和相关软件完成。 材料和仪器材料和仪器 ((1)生物技术实验室从一株产)生物技术实验室从一株产 ß-ß-甘露聚糖酶的新菌种甘露聚糖酶的新菌种A.tabescensA.tabescens EJLY2098EJLY2098 克隆出一个全长克隆出一个全长 cDNA(命名为(命名为 manman)) ((2)可以连接国际互联网的计算机)可以连接国际互联网的计算机 核酸序列的基本分析核酸序列的基本分析 运用运用 DNAMAN 软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱 基分布。同时运用基分布。同时运用 BioEdit(版本(版本 7.0.5.3)软件对)软件对 manman 做酶切谱分析。做酶切谱分析。 碱基同源性分析碱基同源性分析 运用运用 NCBI 信息库的信息库的 BLAST 程序对程序对 manman 进行碱基同源性分析进行碱基同源性分析 ( (TranslatedTranslated queryquery vs.protienvs.protien database(blastx))database(blastx)) 网站如下：网站如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 参数选择：参数选择：TRANSLATED D query-query-PROTEINPROTEIN databasedatabase [blastx][blastx]；； 2 nr;stander1nr;stander1 开放性阅读框(开放性阅读框(ORFORF)分析)分析 利用利用 NCBI 的的 ORF Finder 程序对程序对 manman 做开放性阅读框分析，做开放性阅读框分析， 网址如下：网址如下： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：参数选择：Genetic Codes：：1 Standard 对蛋白质序列的结构功能域分析对蛋白质序列的结构功能域分析 运用简单模块构架搜索工具(运用简单模块构架搜索工具(Simple Modular Architecture Research Tool,SMART)对)对 manmanORF 出的蛋白质序列进行蛋白质出的蛋白质序列进行蛋白质 结构功能域分析。该数据库由结构功能域分析。该数据库由 EMBL 建立，其中集成了大部分目前建立，其中集成了大部分目前 已知的蛋白质结构功能域的数据。已知的蛋白质结构功能域的数据。[12][12] 网址如下：网址如下： http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用运用 NCBI 的的 BLAST 程序再对此蛋白质序列进行程序再对此蛋白质序列进行 rpsBlast 分分 析析 参数选择：参数选择：Search Database：：CDD v2.07－－11937PSSMs Expect：：0.01 Filter：：Low complexity Search mode：：multiple hits 1－－pass 同源物种分析同源物种分析 用用 DNAMAN 软件将蛋白质序列与软件将蛋白质序列与 GHF5 的的 ß-ß-甘露聚糖酶序列和甘露聚糖酶序列和 GHF6GHF6 的的 ß-ß-甘露聚糖酶序列序列比对，根据结果绘出系统进化树，并甘露聚糖酶序列序列比对，根据结果绘出系统进化树，并 进行分析。进行分析。 3 蛋白质一级序列的基本分析蛋白质一级序列的基本分析 运用运用 BioEdit(版本(版本 7.0.5.3)软件对)软件对 manman ORF 翻译的蛋白的一翻译的蛋白的一 些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。 二级结构和功能分析二级结构和功能分析 信号肽预测信号肽预测 利用丹麦科技大学(利用丹麦科技大学(DTU)的)的 CBS 服务器蛋白质序列的信号肽服务器蛋白质序列的信号肽 ((signalsignal peptidepeptide)预测，进入)预测，进入 Prediction Serves 页面。页面。 网址如下：网址如下： http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 参数选择：参数选择： EukaryotesEukaryotes；；BothBoth；；GIFGIF (inline)(inline)；；StandardStandard；； 疏水性分析疏水性分析 利用瑞士生物信息学研究所(利用瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，， SIB)的)的 ExPASy 服务器上的服务器上的 ProtScale 程序程序[13]对对 ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析翻译后的氨基酸序列做疏水性分析 网址如下：网址如下： http://us.expasy.org/cgi-bin/protscale.plhttp://us.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl 参数选择：参数选择： 蛋白质溶解能力和蛋白质溶解能力和 PROSITE motif search 的分析的分析 利用美国哥伦比亚大学(利用美国哥伦比亚大学(Columbia University)的)的 PredictProtein 服务器(服务器(PHD))[14]对对 ORF 翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式 4 获得蛋白质溶解能力和获得蛋白质溶解能力和 PROSITE motif search 分析的结果。分析的结果。 网址如下：网址如下： http://cubic.bioc.columbia.edu/pp/submit_def.htmlhttp://cubic.bioc.columbia.edu/pp/submit_def.html 磷酸化位点分析磷酸化位点分析 磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科 技大学(技大学(DTU)的)的 CBS 服务器上的服务器上的 NetPhos2.0 Server 程序程序[15] 做磷酸化位点分析。做磷酸化位点分析。NetPhos2.0 Server 程序是基于神经网络算程序是基于神经网络算 法，对蛋白序列中的法，对蛋白序列中的 Ser、、Thr 和和 Tys 三种氨基酸残基可能成为的三种氨基酸残基可能成为的 磷酸化位点作出预测，磷酸化位点作出预测， 网址如下：网址如下： http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ 跨膜区分析跨膜区分析 蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能 是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的 蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。[12]利用丹麦科技大学利用丹麦科技大学 ((DTU)的)的 CBS 服务器上的服务器上的 TMHMM Server v. 2.0 程序进行蛋白程序进行蛋白 序列跨膜区分析。序列跨膜区分析。 网址如下：网址如下： http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ 参数选择：参数选择： ExtensiveExtensive withwith graphicsgraphics 亚细胞定位亚细胞定位 5 通过通过 WoLFWoLF PSORTPSORT 工具基于其氨基酸序列预测蛋白质亚细胞定位点工具基于其氨基酸序列预测蛋白质亚细胞定位点 网址如下：网址如下： http://wolfpsort.seq.cbrc.jp/http://wolfpsort.seq.cbrc.jp/ 参数选择：参数选择： FungiFungi；；FromFrom TextText AreaArea 二硫键分析二硫键分析 运用运用 SCRATCHSCRATCH P Proteinrotein PredictorPredictor 对蛋白质的二硫键做出分析。对蛋白质的二硫键做出分析。 网址如下：网址如下： http://www.ics.uci.edu/~baldighttp://www.ics.uci.edu/~baldig/ /scratch/index.htmlscratch/index.html 参数选择：参数选择： DlproDlpro(DisulfideDisulfide Bonds)Bonds) 二级结构预测二级结构预测 运用运用 PBILPBIL LYON-GERLANDLYON-GERLAND 信息库对蛋白质序列进行二级结构预测信息库对蛋白质序列进行二级结构预测 ((SecondarySecondary structurestructure predictionprediction)) ，主要用，主要用 HopfieldHopfield 神经网络神经网络 ((HNNHNN)预测。)预测。 网址如下：网址如下： http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi- bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_hnn.htmlbin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_hnn.html 结果结果 从一株产从一株产 ß-ß-甘露聚糖酶的新菌种甘露聚糖酶的新菌种 A.tabescensA.tabescens EJLY2098EJLY2098 获得的全获得的全 6 长长 cDNAcDNA 序列如下：序列如下： ACGCGGGGGAAAGACGCGGGGGAAAGATGATGCATCTGCTCGCTTTTCTGTCTCTGAGTACATTCCTGTGCTCTGCGTTCGCCATCTGCTCGCTTTTCTGTCTCTGAGTACATTCCTGTGCTCTGCGTTCGC TGCTGTTCCTGAGTGGGGCCAATGTGGCGGCATTGGATGGACAGGACAGACCACTTGCGTTAGTGGTGCTGTTCCTGAGTGGGGCCAATGTGGCGGCATTGGATGGACAGGACAGACCACTTGCGTTAGTGG TACAGTATGCGCAGCTCTCAATGACTATTATTCTCAATGTGTGCCTGGAACGGCCACAACAACGGCTACAGTATGCGCAGCTCTCAATGACTATTATTCTCAATGTGTGCCTGGAACGGCCACAACAACGGC CGCTCCCACGACTGCTACATCAACAACCATTTCTTCCACTTCTCGCACAACTGCTACGTCGACCACCGCTCCCACGACTGCTACATCAACAACCATTTCTTCCACTTCTCGCACAACTGCTACGTCGACCAC AGCTTCCGCACCATCTTCTACTGGCTTTGTAACTACCTCTGGCACAGAGTTCCGCCTCAACGGTGCAGCTTCCGCACCATCTTCTACTGGCTTTGTAACTACCTCTGGCACAGAGTTCCGCCTCAACGGTGC CAAATTTACTATCTTCGGCGCCAACTCATACTGGGTCGGGTTGATGGGCTATAGCACTACAGATATCAAATTTACTATCTTCGGCGCCAACTCATACTGGGTCGGGTTGATGGGCTATAGCACTACAGATAT GAATAAAGCCTTCGCAGACATCGCGGCTACAGGTGCCACCGTCGTCCGCACATGGGGCTTCAATGAGAATAAAGCCTTCGCAGACATCGCGGCTACAGGTGCCACCGTCGTCCGCACATGGGGCTTCAATGA GGTAACGAGTCCTAACGGGATTTATTACCAGAGTTGGTCCGGAAGTACACCAACTATCAACACAGGGGTAACGAGTCCTAACGGGATTTATTACCAGAGTTGGTCCGGAAGTACACCAACTATCAACACAGG TTCTACGGGTCTTCAAAACTTTGATGCCGTCGTCGCTGCTGCTGCTGCACATGGCTTGAGGCTTATTTCTACGGGTCTTCAAAACTTTGATGCCGTCGTCGCTGCTGCTGCTGCACATGGCTTGAGGCTTAT TGTTGCCATAACGAACAACTGGTCCGACTATGGTGGAATGGATGTATACGTTAACCAAATTGTCGGTGTTGCCATAACGAACAACTGGTCCGACTATGGTGGAATGGATGTATACGTTAACCAAATTGTCGG GTCTGGCTCTGCGCACGATTTATTCTATACCGACTGTGAGGTTATATCTACTTACATGAACTACGTGTCTGGCTCTGCGCACGATTTATTCTATACCGACTGTGAGGTTATATCTACTTACATGAACTACGT CAAGACCTTCGTCTCGCGCTATGTGAACGAACCTACTATTTTAGGTTGGGAGCTTGCAAGACCTTCGTCTCGCGCTATGTGAACGAACCTACTATTTTAGGTTGGGAGCTTGCAAATGAACCCAAATGAACC TAGATGCAAGGGGAGTACCGGGACGACCTCTGGATCATGCACTGCAACGACTATCACAAAATGGGCTAGATGCAAGGGGAGTACCGGGACGACCTCTGGATCATGCACTGCAACGACTATCACAAAATGGGC CGCGGCAATTTCAGCGTACATCAAGTCGATCGATCCCAACCATCTTGTCGGGATAGGAGATGAAGGCGCGGCAATTTCAGCGTACATCAAGTCGATCGATCCCAACCATCTTGTCGGGATAGGAGATGAAGG GTTCTACAATGAACCTAGCGCACCAACATATCCATATCAAGGTAGCGAAGGTATCGATTTTGATGCGTTCTACAATGAACCTAGCGCACCAACATATCCATATCAAGGTAGCGAAGGTATCGATTTTGATGC AAATTTGGCCATTAGTAGCATTGATTTCGGTACATTCCATTCCTATCCTATCAGCTGGGGTCAAACAAATTTGGCCATTAGTAGCATTGATTTCGGTACATTCCATTCCTATCCTATCAGCTGGGGTCAAAC CACTGATCCTCAGGGATGGGGTACGCAATGGATCGCTGATCATGCAACGTCAATGACAGCTGCGGGCACTGATCCTCAGGGATGGGGTACGCAATGGATCGCTGATCATGCAACGTCAATGACAGCTGCGGG AAAGCCCGTAATCTTAGAGGAGTTTGGAGTCACCACTAATCAAGCAACTGTTTATGGCGCCTGGTAAAAGCCCGTAATCTTAGAGGAGTTTGGAGTCACCACTAATCAAGCAACTGTTTATGGCGCCTGGTA TCAGGAAGTTGTCTCTTCGGGTCTTACTGGTGCTCTTATTTGGCAAGCTGGTTCTTATTTATCATCTCAGGAAGTTGTCTCTTCGGGTCTTACTGGTGCTCTTATTTGGCAAGCTGGTTCTTATTTATCATC CGGAGCTACTCCGGACGACGGATATGCAATTTATCCTGATGATCCTGTATATTCCCTGGAAACCTCCGGAGCTACTCCGGACGACGGATATGCAATTTATCCTGATGATCCTGTATATTCCCTGGAAACCTC CTATGCGGTTACATTGAAAGCGCGGGCGCTATGCGGTTACATTGAAAGCGCGGGCGTAGTAGGATAGGGTACAGGATAGGGTACAGAATAAAAATAAATTTTGCTCCGATGTGGTTTTTGCTCCGATGTGGT 7 ACTGTAGCCGAGCGGCTTGACTATGTGACTGTAGCCGAGCGGCTTGACTATGTGAATAAAAAATAAAAATAGCACTGTTGTCACGATCGATCAACACCTAATAGCACTGTTGTCACGATCGATCAACACCTA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 核酸序列的基本分析核酸序列的基本分析 核酸序列的基本分析结果如下：核酸序列的基本分析结果如下： SEQSEQ New:New: 14831483 bp;bp; CompositionComposition 388388 A;A; 358358 C;C; 351351 G;G; 386386 T;T; 0 0 OTHEROTHER Percentage:Percentage: 26.2%26.2% A;A; 24.1%24.1% C;C; 23.7%23.7% G;G; 26.0%26.0% T;T; 0.0%OTHER0.0%OTHER MolecularMolecular WeightWeight (kDa):(kDa): ssDNA:ssDNA: 457.73457.73 dsDNA:dsDNA: 914.24914.24 ORIGINORIGIN 1 1 ACGCGGGGGAACGCGGGGGA AAGATGCATCAAGATGCATC TGCTCGCTTTTGCTCGCTTT TCTGTCTCTGTCTGTCTCTG AGTACATTCCAGTACATTCC TGTGCTCTGCTGTGCTCTGC 6161 GTTCGCTGCTGTTCGCTGCT GTTCCTGAGTGTTCCTGAGT GGGGCCAATGGGGGCCAATG TGGCGGCATTTGGCGGCATT GGATGGACAGGGATGGACAG GACAGACCACGACAGACCAC 121121 TTGCGTTAGTTTGCGTTAGT GGTACAGTATGGTACAGTAT GCGCAGCTCTGCGCAGCTCT CAATGACTATCAATGACTAT TATTCTCAATTATTCTCAAT GTGTGCCTGGGTGTGCCTGG 181181 AACGGCCACAAACGGCCACA ACAACGGCCGACAACGGCCG CTCCCACGACCTCCCACGAC TGCTACATCATGCTACATCA ACAACCATTTACAACCATTT CTTCCACTTCCTTCCACTTC 241241 TCGCACAACTTCGCACAACT GCTACGTCGAGCTACGTCGA CCACAGCTTCCCACAGCTTC CGCACCATCTCGCACCATCT TCTACTGGCTTCTACTGGCT TTGTAACTACTTGTAACTAC 301301 CTCTGGCACACTCTGGCACA GAGTTCCGCCGAGTTCCGCC TCAACGGTGCTCAACGGTGC CAAATTTACTCAAATTTACT ATCTTCGGCGATCTTCGGCG CCAACTCATACCAACTCATA 361361 CTGGGTCGGGCTGGGTCGGG TTGATGGGCTTTGATGGGCT ATAGCACTACATAGCACTAC AGATATGAATAGATATGAAT AAAGCCTTCGAAAGCCTTCG CAGACATCGCCAGACATCGC 421421 GGCTACAGGTGGCTACAGGT GCCACCGTCGGCCACCGTCG TCCGCACATGTCCGCACATG GGGCTTCAATGGGCTTCAAT GAGGTAACGAGAGGTAACGA GTCCTAACGGGTCCTAACGG 481481 GATTTATTACGATTTATTAC CAGAGTTGGTCAGAGTTGGT CCGGAAGTACCCGGAAGTAC ACCAACTATCACCAACTATC AACACAGGTTAACACAGGTT CTACGGGTCTCTACGGGTCT 541541 TCAAAACTTTTCAAAACTTT GATGCCGTCGGATGCCGTCG TCGCTGCTGCTCGCTGCTGC TGCTGCACATTGCTGCACAT GGCTTGAGGCGGCTTGAGGC TTATTGTTGCTTATTGTTGC 601601 CATAACGAACCATAACGAAC AACTGGTCCGAACTGGTCCG ACTATGGTGGACTATGGTGG AATGGATGTAAATGGATGTA TACGTTAACCTACGTTAACC AAATTGTCGGAAATTGTCGG 661661 GTCTGGCTCTGTCTGGCTCT GCGCACGATTGCGCACGATT TATTCTATACTATTCTATAC CGACTGTGAGCGACTGTGAG GTTATATCTAGTTATATCTA CTTACATGAACTTACATGAA 721721 CTACGTCAAGCTACGTCAAG ACCTTCGTCTACCTTCGTCT CGCGCTATGTCGCGCTATGT GAACGAACCTGAACGAACCT ACTATTTTAGACTATTTTAG GTTGGGAGCTGTTGGGAGCT 781781 TGCAAATGAATGCAAATGAA CCTAGATGCACCTAGATGCA AGGGGAGTACAGGGGAGTAC CGGGACGACCCGGGACGACC TCTGGATCATTCTGGATCAT GCACTGCAACGCACTGCAAC 841841 GACTATCACAGACTATCACA AAATGGGCCGAAATGGGCCG CGGCAATTTCCGGCAATTTC AGCGTACATCAGCGTACATC AAGTCGATCGAAGTCGATCG ATCCCAACCAATCCCAACCA 901901 TCTTGTCGGGTCTTGTCGGG ATAGGAGATGATAGGAGATG AAGGGTTCTAAAGGGTTCTA CAATGAACCTCAATGAACCT AGCGCACCAAAGCGCACCAA CATATCCATACATATCCATA 961961 TCAAGGTAGCTCAAGGTAGC GAAGGTATCGGAAGGTATCG ATTTTGATGCATTTTGATGC AAATTTGGCCAAATTTGGCC ATTAGTAGCAATTAGTAGCA TTGATTTCGGTTGATTTCGG 10211021 TACATTCCATTACATTCCAT TCCTATCCTATCCTATCCTA TCAGCTGGGGTCAGCTGGGG TCAAACCACTTCAAACCACT GATCCTCAGGGATCCTCAGG GATGGGGTACGATGGGGTAC 10811081 GCAATGGATCGCAATGGATC GCTGATCATGGCTGATCATG CAACGTCAATCAACGTCAAT GACAGCTGCGGACAGCTGCG GGAAAGCCCGGGAAAGCCCG TAATCTTAGATAATCTTAGA 11411141 GGAGTTTGGAGGAGTTTGGA GTCACCACTAGTCACCACTA ATCAAGCAACATCAAGCAAC TGTTTATGGCTGTTTATGGC GCCTGGTATCGCCTGGTATC AGGAAGTTGTAGGAAGTTGT 12011201 CTCTTCGGGTCTCTTCGGGT CTTACTGGTGCTTACTGGTG CTCTTATTTGCTCTTATTTG GCAAGCTGGTGCAAGCTGGT TCTTATTTATTCTTATTTAT CATCCGGAGCCATCCGGAGC 12611261 TACTCCGGACTACTCCGGAC GACGGATATGGACGGATATG CAATTTATCCCAATTTATCC TGATGATCCTTGATGATCCT GTATATTCCCGTATATTCCC TGGAAACCTCTGGAAACCTC 13211321 CTATGCGGTTCTATGCGGTT ACATTGAAAGACATTGAAAG CGCGGGCGTACGCGGGCGTA GGATAGGGTAGGATAGGGTA CAGAATAAATCAGAATAAAT TTTGCTCCGATTTGCTCCGA 13811381 TGTGGTACTGTGTGGTACTG TAGCCGAGCGTAGCCGAGCG GCTTGACTATGCTTGACTAT GTGAATAAAAGTGAATAAAA ATAGCACTGTATAGCACTGT TGTCACGATCTGTCACGATC 14411441 GATCAACACCGATCAACACC TAAAAAAAAATAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAA 对其所做对其所做的酶切谱分析结果如下：对其所做对其所做的酶切谱分析结果如下： 8 ①① 对对 DQ286392 的酶切图(见附录的酶切图(见附录 1)) ②② 单酶切统计，见下表：单酶切统计，见下表： Restriction table: Enzyme Recognition frequency Positions __________________________________________________________________________ AccI GT'mk_AC 2 258, 640 AloI GAACnnnnnnTCCnnnnnnn_nnnnn' 1 632 AloI GGAnnnnnnGTTCnnnnnnn_nnnnn' 1 600 AlwI GGATCnnnn'n_ 5 833, 885, 1056, 1095, 1290 ApoI r'AATT_y 3 333, 992, 1368 BanI G'GyrC_C 4 327, 348, 429, 1179 BbeI G_GCGC'C 2 352, 1183 BbsI GAAGACnn'nnnn_ 1 531 BbvI GCAGCnnnnnnnn'nnnn_ 7 53, 156, 551, 554, 557, 560, 1103 BceAI ACGGCnnnnnnnnnnnn'nn_ 3 199, 211, 540 BcgI CGAnnnnnnTGCnnnnnnnnnn_nn' 3 1003, 998, 1294 BcgI GCAnnnnnnTCGnnnnnnnnnn_nn' 3 969, 1032, 1260 BclI T'GATC_A 1 1094 BfrBI ATG'CAT 1 17 BglI GCCn_nnn'nGGC 1 91 BmrI ACTGGGnnnn_n' 1 371 BpuEI CTTGAGnnnnnnnnnnnnnn_nn' 1 605 BsaHI Gr'CG_yC 2 349, 1180 BsaJI C'CnnG_G 2 859, 1309 BsaWI w'CCGG_w 3 501, 1254, 1265 BsaXI ACnnnnnCTCCnnnnnnn_nnn' 1 215 BsaXI GGAGnnnnnGTnnnnnnnnn_nnn' 1 185 BseMII CTCAGnnnnnnnn_nn' 3 30, 67, 1080 BseRI GAGGAGnnnnnnnn_nn' 1 1155 BseYI C'CCAG_C 1 1045 BsgI GTGCAGnnnnnnnnnnnnnn_nn' 1 559 BsiEI CG_ry'CG 3 199, 889, 1440 BsiHKAI G_wGCw'C 2 57, 1223 BslI CCnn_nnn'nnGG 4 81, 449, 963, 1272 BsmAI GTCTCn'nnnn_ 3 40, 743, 1205 BsmBI CGTCTCn'nnnn_ 1 743 BsmFI GGGACnnnnnnnnnn'nnnn_ 1 827 Bsp1286I G_dGCh'C 2 57, 1223 BspCNI CTCAGnnnnnnn_nn' 3 31, 68, 1079 BspEI T'CCGG_A 3 501, 1254, 1265 9 BsrI ACTG_Gn' 4 290, 366, 618, 1220 BsrBI CCG'CTC 2 201, 1399 BsrDI GCAATG_nn' 1 1089 BstF5I GGATG_nn' 4 108, 641, 1077, 1251 BstZ17I GTA'TAC 1 641 Bsu36I CC'TnA_GG 1 1066 BtgI C'CryG_G 1 859 BtsI GCAGTG_nn' 1 832 Cac8I GCn'nGC 4 25, 781, 1234, 1345 ClaI AT'CG_AT 3 889, 979, 1440 EaeI y'GGCC_r 3 184, 196, 997 EagI C'GGCC_G 1 196 EarI CTCTTCn'nnn_ 1 1208 EciI GGCGGAnnnnnnnnn_nn' 1 306 FauI CCCGCnnnn'nn_ 2 1112, 1336 FokI GGATGnnnnnnnnn'nnnn_ 4 115, 648, 1084, 1238 FspI TGC'GCA 2 143, 673 HaeII r_GCGC'y 2 352, 1183 Hin4I GAynnnnnvTCnnnnnnnn_nnnnn' 3 690, 1079, 1111 Hin4I GAbnnnnnrTCnnnnnnnn_nnnnn' 3 722, 1079, 1111 HincII GTy'rAC 2 259, 647 HpaI GTT'AAC 1 647 HphI GGTGAnnnnnnn_n' 1 1145 Hpy8I GTn'nAC 5 259, 510, 641, 647, 752 Hpy188III TC'nn_GA 10 75, 502, 728, 823, 908, 1191 1255, 1266, 1290, 1435 HpyF10VI GCn_nnnnn'nGC 11 67, 92, 418, 430, 452, 562, 571 574, 871, 997, 1099 KasI G'GCGC_C 2 348, 1179 MboII GAAGAnnnnnnn_n' 5 223, 271, 335, 531, 1195 MlyI GAGTCnnnnn' 2 479, 1159 MmeI TCCrACnnnnnnnnnnnnnnnnnn_nn' 1 643 MnlI CCTCnnnnnn_n' 9 311, 330, 455, 580, 692, 830, 1075 1133, 1328 MscI TGG'CCA 1 999 MslI CAynn'nnrTG 1 50 MspA1I CmG'CkG 3 861, 1045, 1116 MwoI GCnn_nnn'nnGC 11 66, 91, 417, 429, 451, 561, 570 573, 870, 996, 1098 NarI GG'CG_CC 2 349, 1180 NlaIV GGn'nCC 5 84, 329, 350, 431, 1181 NsiI A_TGCA'T 1 19 10 PleI GAGTCnnnn'n_ 2 478, 1158 PshAI GACnn'nnGTC 1 735 Pv 关 键 词： 序列 分析 一般 程序 中的 一个 实例

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