pbs 写matlab作业,pbs提交作业

如何如何使用使用pbs 提交作业

1 串行任务提交

用户通过qsub 命令来向系统提交任务，有两种方式提交：脚本方式和命令行方式。(一

般情况下，不允许root 用户使用qsub 命令提交作业)

1.1 脚本方式提交

用户将需要执行的程序或命令写入脚本中，再加入一些必要或者可选的语句，就可以通过脚本方式提交。脚本提交比较方便，用户可以用最简单的文字编辑器(例如vi )编写一个脚本，然后使用qsub 命令提交该脚本，pbs 会按照脚本内容执行相应的任务。脚本提交的不足之处就是需要用户执行任务前编写脚本。 脚本方式提交任务的一般格式为：qsub [script_name]，script_name 是任务脚本的名称。

下面介绍pbs 任务脚本的编写方法。 pbs 任务脚本包括三部分：

shell 说明语句：用来说明用户使用的是哪种shell ，例如 #!/bin/sh 说明用户需要

使用Bourne shell ，如果用户没有指定，则默认为 Bourne shell pbs 指示语句：pbs 指示语句是用户用来请求任务运行时所需的资源或设置任务

的一些属性的。以#PBS 开头，如#PBS –N taskname 是用来设置任务名称的。pbs 指示语句是可选的，用户可以不用关心它如何写，系统会自动设置。

pbs 指示句的一个主要作用是请求任务执行时所需要的系统资源，如cpu 数

目，存储容量，运行时间，运行优先级等等。以脚本方式提交的任务的资源请求是通过pbs 指示语句，一般格式为 #PBS –l [选项=] [选项对应的值]，如#PBS –l ncpus=5表示请求5个cpu 为之服务。系统资源如下表所示

资源 描述

举例 arch 所需要的系统结构，只用在资源块中 -l arch=linux cput 任务的所有进程拥有的最大cpu 执行时间 -l cput=1:00:00 file 任务能够创建的文件的大小 -l file=45mb nodes 主机的个数

-l nodes=2 ppn 每个主机的处理器个数 -l nodes=2:ppn=2 host

指定执行主机的名称

-l nodes=X:host 分配X 个主机名称 中含有host 的执行 节点

mem 任务的所有进程能够分配到的最大物理内存数 -l mem=100mb ncpus 请求的cpu 数

-l ncups=5 nice 任务运行时的nice 优先级值

-l nice=3 pcput 任务的任何一个进程拥有的最大cpu 执行时间 -l pcput=1:00:00 pmem 任务的任何一个进程能够分配到的最大物理内存数 -l pmem=45mb pvmem 任务的任何一个进程能够使用的虚拟内存的最大数 -l pvmem=100mb vmem 任务的所有并发进程能够使用的最大虚存数 -l vmem=100mb walltime

任务可以处于运行态的最大wall-clock 时间

-l walltime=1:00:00