avogadro_Avogadro主要工具的总结

在这里首先要了解到，要想绘制出一个简单的分子，主要遵循以下顺序：选择合适的原子与合适的键连接，然后优化。两者一般是这样的顺序，但是就像用PS绘制一张插画一样，往往是一步一步慢慢修改优化得来的，绘制分子也是如此，当一个分子或者基团比较大时，可以分块连接，然后先快速优化使化学键更加清楚条理，接下来统一连接，再总体优化。

放在工具栏里面的是分子设计最常用到的工具，具体使用方法给出以下两种简便方法以供大家参考。

1.将鼠标悬停到工具图标上，将会弹出一段文字说明，按照文字所示多加练习就可以熟练掌握。

2.在官网上找到使用说明网页版，然后使用Chrome的全网页翻译，然后就可以快速浏览自己所需要的操作指南了，在本篇里当然是找工具栏的使用说明。(网页网址)

所以在这里将不再总结这些基础的操作问题，而是来主要记录一些理解起来比较有趣的方面。以下将按照具体工具分类来写。

绘制工具

绘制由于没有什么需要理解的，所以在这里介绍一个自己在绘制第一个分子时很想做的，就是当绘制一个苯环时，需要单双键交替连接，但是自己知道这应该是一个大π键，所以显示单双键不是很合理。要做到只显示同一种键(单键)，需要去显示式样设置中的球棍模型中设置，点击球棍模型后的扳手，将显示多键点掉，就可以了，如下图所示。

视角导航工具

视角导航工具使用也很方便，并且它的操作在片段调整，选择，自转，自动优化，测量，对齐这些工具中也是可以实现视角调整的操作。

化学键调整工具

在这里要注意使用上述第二种学习方式时谷歌娘出现了严重的翻译错误，果然是隔行如隔山啊，谷歌娘也不是万能的。而且在这里出现了一个阙值的东西，可以仔细说一下。工具设置窗口

首先来看这个工具的具体设置，可以看到它提供两个可供选择的功能，分别为显示键角(Show Angles)和对齐到键(Snap-to Bonds)，对齐阙值"Snap-to Threshold"是为对齐到键服务的，这个值的大小就类似于一个磁铁磁力的大小。

显示键角的功能只需要左键点击你要查看的键角所包含的原子或者化学键就可以了，哪里不会点哪里，就是这么简单。

对齐到键是指当我们选中化学键的时候，会出现一个蓝色平面，左键选中此平面使其旋转，我们会发现平面在某些固定位置会变成黄色。黄色就代表着此时有相邻的键与其共面，对齐阙值的作用就是让我们在旋转平面时，在我们旋转到共面位置左右时立即显示到共面位置，方便我们寻找共面位置，阙值或大或小的作用就看自己需要调就好了。下面用视频来简单演示。https://www.zhihu.com/video/967489234928615424

以上两个为显示化学键的一些参数功能，接下来如何调整化学键呢，化学键的调整分为键长和键角的调整，值得注意的是调整键长在手册中并未提及，但是当鼠标悬停在工具图标上时却有简单修改键长的方式，手册上不显示可能是因为以后有更精确的方法修改键长，下面用视频简单演示。https://www.zhihu.com/video/967491918146514944

片段调整(操纵)工具

此工具没有特别要说明的，但是经常用到，相较于精确的平移来说，平时直接左键拖动会更加简单粗暴。

选择工具

选择工具中要注意的是选择残基这个功能，这里的残基指的是肽中的残基即生物大分子中的，不是是残缺的基团，当时自己可是郁闷了好一会，一直以为这个功能不能实现。

为了让大家尝试使用以残基来选择，我们先来用Avogadro自带的肽建造工具来制作一个简单的多肽。由于我是化学专业的所以肽构建工具的具体细节我也不敢乱说

自动优化工具

在平常会首先简单快速优化一下绘制的分子，使用的是快速优化插件。

分子自动优化工具中让人感觉到不明白的就是各种力场和算法了，在这里各种力场和算法就如手册上所说，可以参考几何结构优化部分。

自转，测量，对齐工具都很好上手，我自己翻译的内容大意和谷歌娘的相差不多，就不再赘述。

下一篇打算的有两个方向，一个为开始介绍总结主菜单上的操作用处，另一个为再深入了解一下力场和算法的知识，总结类比一下各个出现的力场与算法。这两种都会比较耗费时间，由于我最近时间不是很充裕，所以时间会长上一些。(考研复习还是挺忙碌的，平常实验也不少orz)