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编者按
常规做RDA、CCA分析一般使用CANOCO软件或者R语言的Vegan包去做分析,前者太贵,后者复杂,肿么办?
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RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,属于限制性排序,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。
RDA基于线性模型,CCA则是基于单峰模型。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系,可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。
RDA或CCA模型的选择原则:先用Species Table数据做DCA分析,看分析结果中Axis Lengths of gradient的轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可,如果小于3.0,RDA的结果要好于CCA。
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