lammps建模_[转载]建模:MS为lammps建模[转]

不得不承认，lammps以及很多其他开源的模拟软件在易用性上做得远不如商业模拟软件。其中最为重要的部分就是model

builder和visualizer。即使可以联用一些辅助软件，例如VMD，由于软件间的接口设计或者模拟软件输出格式等问题，也是极为不方便(想必用过VMD显示lammps输出的朋友都有体会吧)。这只是牢骚话，下面转入主题。

MS的builder没得说，lammps也有附加工具“msi2lmp”支持把MS支持的文件格式转换为lammps可以使用的格式。其实名字叫msi2lmp，事实上你不能使用*.msi文件作为输入，而应该使用car/mdf组合。*.car文件记录了原子坐标，mdf文件记录了键接方式。使用MS为lammps建模的工作流程是：

1. MS中建模

2. Typing，也就是为每个原子分配原子类型。

这是最重要的一步。因为msi2lmp工具只支持cvff和cff91，所以在MS中一定要为原子预先分配好这两个力场所支持的原子类型！

具体做法是，在discover模块中打开setup对话框，energy选项卡中选中cvff或者cff91，然后去typing选项卡，type

(calculate)即可。如果你不希望力场自动分配电荷，可以取消之。

对于某些力场不支持的原子类型(有的时候支持的也会分析错，哈哈)，typying过程中会报错，你可以在选中那些原子，手工分配原子类型。

3. 输出。只要选择car格式export就好了。

4.

转换。把msi2lmp.exe和cvff.frc或cff91.frc复制到你存放car/mdf文件的目录中，执行msi2lmp