在r语言当中dpylr包_如何使用R语言circlize包绘制漂亮圈图（一）

?点击上方蓝字把我们设为星标吧✴

圈图对于展示复杂的数据信息非常有用，它既可以展示不同类别的数据信息，还可以直观地展示聚焦于同一对象的多个轨迹上的数据变化，它还能够展示多个元素之间的关系。

目前大家比较熟知的是使用circos(http://circos.ca/)来进行绘图，但由于circos是基于Perl语言来进行绘图的，如果对Perl不够熟悉，小伙伴们在学习和使用时依然有些费神。如今在R中的circlize包也能实现圈图绘制功能，甚至可能更为强大和便捷。下面我们一起来了解一下吧~

circlize包是由德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的。

有兴趣的可以去看看他的Github主页：

• https://github.com/jokergoo

circlize包的学习文档：

• https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/

主要分为三个部分：

• 第一部分主要介绍绘制圈图的基本原理与通用函数；

• 第二部分主要介绍针对基因组数据如何绘制圈图；

• 第三部分主要介绍如何绘制和弦图。

今天，先为大家介绍第一部分的学习内容。

1. circlize包安装

首先，安装circlize包，请使用以下命令：

install.packages("circlize") 
或者 
devtools::install_github("jokergoo/circlize")

2. circlize包绘图规则

2.1 坐标系的转换

绘制圈图首先要进行坐标系转换，circlize首先将数据坐标从数据坐标系转换为极坐标系，最后转换为画布坐标系(如下图)。实际上，最终的画布坐标是基本R图形系统中的普通坐标，默认情况下x范围为(-1，1)，y范围为(-1，1)。需要注意的是，圈图总是在半径为1的圆内绘制(这意味着它总是一个单位圆)，并且是从外到内。

图2.1 | 不同坐标系之间的转换

2.2 绘图规则

绘制圈图一般遵循如下步骤：初始化图形(initialize)——添加轨道(create track)——添加图形(add graphics)——添加轨道——添加图形……——重置(circos.clear)

1)初始化图形：

一般使用函数circos.initialize 进行初始化，所需数据必须包括因子变量和X值。

2)创建轨道：

使用函数circos.trackPlotRegion创建轨道(可简写为circos.track)。

3)添加图形：

在新创建的轨道上添加图形一般有三种方法：

• 使用circos.points, circos.lines等低级绘图参数

• 使用circis.trackPoints, circos.trackLines等进行绘图

• 在circos.trackPlotRegion中使用panel.fun函数

4)重置：

使用函数circos.clear进行重置。应该始终在每个圈图的结尾处调用circos.clear()。圈图有几个参数，只能在circos.initialize()之前设置，因此，在绘制下一个圈图之前，需要重置这些参数。

图2.2 | 绘制圈图的步骤

2.3 扇区和轨道

圈图由扇区和轨道组成。红色圆圈是一条轨道，蓝色代表一个扇区。扇区和轨道的交点称为单元格，单元格是圈图中的基本单位，可以将其视为数据的绘图区域。

<