最近收到网友求助,问:
尝试一篇文献的表达差异分析和热图重现,主要参考您Github中GEO-master/GSE42872_main的代码,但我跑出的差异分析列表logFC与文献给出的列表数据不符,尝试了很多次,不清楚是什么原因?
本来我一般是不理会这样的求助的, 毕竟代码都给了,还不会用,总不能怪我了,冥冥中鬼使神差的回复了:
问题在哪里,我就没得空去帮你检查,你要是真想我回答,两个办法。
第一个是把你这篇文献写一个PPT,介绍这方面背景知识点给我,我学习到了新知识,作为交换,我就帮你修改代码
第二个是,你直接付费我来帮你检查代码
有趣的是,对方马上甩来了一个详细的PPT,让我也学到了知识,所以就投桃报李,帮忙检查代码,结果发现很有趣的事情,就是这个数据集的作者,居然上传了错误的表达矩阵。
错误的表达矩阵
![c2d460dceb46505ee0aec206a1354519.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/c2d460dceb46505ee0aec206a1354519.png)
[HG-U133_Plus_2] Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array 这个芯片平台怎么可能只有不到五千个探针!
所以肯定是作者上传错了,因为文件大小就不对。