delphi listview1添加指定列_ggplot2图形上简单快速添加统计P值，看这个包就够了

前面我们学习了怎么往ggplot2图形上添加显著性差异的P值。

R语言统计与绘图：基于ggplot2包绘制带误差线的线图和条形图

R语言统计与绘图：在ggplot2图形上添加显著性差异注释

今天来学习一个新包，使用这个新包可以往ggplot2图形上更简单快速的添加P值。

ggpval包可以执行统计检验，并且自动往ggplot2图形上添加相应的P值，P值可以显示为数字或者星形符号，也可以显示为文本注释。

1. 安装和加载R包

install.packages("ggpval")  # 安装包
tall.packages("ggplot2") # 安装包
library(ggplot2)  # 加载包
library(ggpval)  # 加载包

# ggpval包也可以从github上安装
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("s6juncheng/ggpval")

2. 创建数据集

数据集来自函数帮助文件。

A 200, 0, 3) # 创建连续性变量
B 200, 2, 4) # 创建连续性变量
G "G1", "G2"), each = 100) # 创建个分组变量

library(data.table) # 加载包用来创建数据集
dt # 创建数据集
dt # 查看数据集，下面的图形都是在Rmarkdown中生成的

3. 数据集处理

转换数据集，将数据集由宽数据集变为长数据集。

dt1 "G")
dt1

4. 箱型图示例

先画一个ggplot2箱型图，再指定哪两个组配对比较。

# 绘制箱型图，并将图形传递给plt参数
plt   geom_boxplot() + # 绘制箱型图
  geom_jitter() # 添加抖动散点
plt

# 指定配对比较的组进行统计检验
add_pval(plt, pairs = list(c(1, 2)))
# 指定1组和2组进行比较

除了添加P值外，还可以指定文本注释，当指定添加文本注释时，统计检验不会进行。

统计检验默认wilcox.test，可以调节参数修改成其他检验方法。

add_pval(plt, pairs = list(c(1, 2)), 
         annotation = "指定文本注释")

5. 分面箱型图示例

除了普通箱型图外，还可以绘制分面箱型图，然后进行统计检验。

# 绘制分面箱型图，并将图形传递给pltf参数
pltf   geom_boxplot() +
  geom_jitter() +
  facet_wrap(~G) # 绘制分面箱型图，分面变量为G变量
pltf

# 指定配对比较的组进行统计检验
add_pval(pltf, pairs = list(c(1, 2)))
# 指定1组和2组进行比较

分面箱型图也可以指定添加注释文本，只需给annotation参数添加个list注释即可

# 指定配对比较的组进行统计检验
add_pval(pltf, pairs = list(c(1, 2)), 
         annotation = list("注释文本1", "注释文本2"))
# 指定1组和2组进行比较

6. 条形图示例

ggpval还可以在条形图上进行统计检验。

先绘制一个条形图。

plt_bar   geom_bar(stat = "identity", position = 'dodge')
plt_bar

指定条形图的1组和2组进行统计检验。

add_pval(plt_bar, pairs = list(c(1, 2)), 
         response = 'value') # 指定进行统计检验的列

绘制分面条形图，跟分面箱型图差不多。

plt_bar   geom_bar(stat = "identity", position = 'dodge') +
  facet_wrap(~G)
plt_bar

add_pval(plt_bar, pairs = list(c(1, 2)), response = 'value')

7. 外观属性设置

选用最前面的箱型图进行演示，怎么修改显著性检验的外观属性。

# 绘制箱型图，并将图形传递给plt参数
plt   geom_boxplot()

add_pval(plt, pairs = list(c(1, 2)),
         barheight = 2,
         heights = 15,
         textsize = 5)

参考资料

1. ggpval包帮助文件

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