java写质心,如何计算质心和数据矩阵之间的距离（对于kmeans算法）

您的主要问题似乎是如何计算数据矩阵与某些点(“中心”)之间的距离 .

为此，您可以编写一个函数，将数据矩阵和您的点集作为输入，并将数据矩阵中每行(点)的距离返回到所有“中心” .

这是一个这样的功能：

myEuclid

distanceMatrix

for(i in 1:nrow(points2)) {

distanceMatrix[,i]

}

distanceMatrix

}

points1 是数据矩阵，其中点为行，维度为列 . points2 是中心矩阵(再次指向行) . 第一行代码只定义了答案矩阵(它将具有与数据矩阵中的行一样多的行以及与中心一样多的列) . 因此结果矩阵中的点 i,j 将是从第i个点到第j个中心的距离 .

然后for循环遍历所有中心 . 对于每个中心，它计算从每个点到当前中心的欧氏距离并返回结果 . 这一行： sqrt(rowSums(t(t(points1)-points2[i,])^2)) 是欧几里德距离 . 如果你遇到任何麻烦，请仔细检查并查看公式 . (转置主要是为了确保减法是按行进行的) .

现在您还可以实现k-means算法：

myKmeans

clusterHistory

centerHistory

for(i in 1:nItter) {

distsToCenters

clusters

centers

# Saving history

clusterHistory[[i]]

centerHistory[[i]]

}

list(clusters=clusterHistory, centers=centerHistory)

}

正如您所看到的，它也是一个非常简单的函数 - 它需要数据矩阵，中心，距离函数(上面定义的函数)和有用的迭代次数 .

通过为每个点指定最近的中心来定义簇 . 并且中心更新为分配给该中心的点的平均值 . 这是一个基本的k-means算法) .

我们来试试吧 . 定义一些随机点(在2d中，所以列数= 2)

mat

从该矩阵中分配5个随机点作为初始中心：

centers

现在运行算法：

theResult

以下是第10次迭代的中心：

theResult$centers[[10]]

[,1] [,2]

1 -0.1343239 1.27925285

2 -0.8004432 -0.77838017

3 0.1956119 -0.19193849

4 0.3886721 -1.80298698

5 1.3640693 -0.04091114

将其与实现的 kmeans 函数进行比较：

theResult2

theResult2$centers

[,1] [,2]

1 -0.1343239 1.27925285

2 -0.8004432 -0.77838017

3 0.1956119 -0.19193849

4 0.3886721 -1.80298698

5 1.3640693 -0.04091114

工作良好 . 然而，我们的功能跟踪迭代 . 我们可以在前4次迭代中绘制进度，如下所示：

par(mfrow=c(2,2))

for(i in 1:4) {

plot(mat, col=theResult$clusters[[i]], main=paste("itteration:", i), xlab="x", ylab="y")

points(theResult$centers[[i]], cex=3, pch=19, col=1:nrow(theResult$centers[[i]]))

}

尼斯 .

然而，这种简单的设计允许更多 . 例如，如果我们想要使用另一种距离(不是欧几里德)，我们可以使用任何以数据和中心作为输入的函数 . 这是一个相关距离：

myCor

return(1 - ((cor(t(points1), t(points2))+1)/2))

}

然后我们可以根据这些来做Kmeans：

theResult

然后，4次迭代的结果图如下所示：

即使你我们指定了5个集群 - 最后还有2个集群 . 这是因为对于2维，相关性可以具有值 - 1或-1 . 然后，在寻找聚类时，每个点都被分配到一个中心，即使它与多个中心的距离相同 - 第一个得到了 .

无论如何，现在这已超出范围 . 最重要的是，有许多可能的距离指标，一个简单的功能允许您使用您想要的任何距离，并通过迭代跟踪结果 .