python使用k-means算法代码案例-机器学习之K-means算法（Python描述）基础

Python 2.7

IDE Pycharm 5.0.3

numpy 1.11.0

matplotlib 1.5.1

前言

从程序上读懂每一行，才是了解算法的开始。

什么是K-means?

一句话：一堆数据我也不知道是啥玩意的(无标签)的扔给你，你给我分一下，哪一堆属于一类。这就是聚类！

Knn VS K-means

knn表现的是有监督情况下，也就是我都知道标签了，载扔进去一个没有带标签的，根据特性(特征)，你给我判断出来，这个属于哪一类，就像分类匹配一样。

K-means表现的是无监督情况下，我不知道标签，我只有数据集，那么从那么大一堆数据集中，我需要找出"规律”，也就是数据挖掘的一部分了，哪一些数据属于同一个类(虽然我并不知道这个类叫什么，whatever)，

来张图可能清楚点。左边的是knn，主要用于未知点的分类，右图是k-means，主要用于聚类(当然也可以用来对未知点的聚类判断)

knn&k-means

还是不理解分类和聚类请看我在知乎上的回答@徐凯--聚类与分类有什么区别？

数据形式

ok，还是老样子的txt格式，数据的清洗和读取必不可少，至于怎么将txt写入矩阵，请参考（大）数据处理：从txt到数据可视化或者以下代码注释

数据形式

展示以下大概是这样的，虽然，我们一看就能知道，簇中心也就是聚类中心大概的位置，但是机器并不知道，怎么计算出聚类中心，这就是k-means干的活了！

kmean

k-means算法流程

具体的k-means原理不再累述，很详细的请见

深入浅出K-Means算法

我这里用自己的话概括下

随机选k个点作为初代的聚类中心点

计算其余各点到这些聚类中心点的"距离’，并选择距离自己最近的聚类点作为自己的类，给自己打上标签

属于同一簇的一群点进行取质心运算，计算新的簇中心

重复2~3，直到簇中心不再改变

代码--K-means基础

# -*- coding: utf-8 -*-

import math

from numpy import *

#C:\\Users\\MrLevo\\Desktop\\machine_learning_in_action\\Ch10\\testSet.txt

#载入数据，清洗数据保存为矩阵形式

def loadDataSet(filename):

fr = open(filename)

lines = fr.readlines()

dataMat = []

for line in lines:

result = line.strip().split('\t')

fltline = map(float,result)

dataMat.append(fltline)

return dataMat

#向量计算距离

def distEclud(vecA,vecB):

return sqrt(sum(power(vecA-vecB,2)))

# 给定数据集构建一个包含k个随机质心的集合，

def randCent(dataSet,k):

n = shape(dataSet)[1] # 计算列数

centroids = mat(zeros((k,n)))

for j in range(n):

minJ = min(dataSet[:,j]) #取每列最小值

rangeJ = float(max(dataSet[:,j])-minJ)

centroids[:,j] = minJ + rangeJ*random.rand(k,1) # random.rand(k,1)构建k行一列，每行代表二维的质心坐标

#random.rand(2,1)#产生两行一列0~1随机数

return centroids

#minJ + rangeJ*random.rand(k,1)自动扩充阵进行匹配，实现不同维数矩阵相加,列需相同

#一切都是对象

def kMeans(dataSet,k,distMeas = distEclud,creatCent = randCent):

m = shape(dataSet)[0] # 行数

clusterAssment = mat(zeros((m,2))) # 建立簇分配结果矩阵，第一列存索引，第二列存误差

centroids = creatCent(dataSet,k) #聚类点

clusterChanged = True

while clusterChanged:

clusterChanged = False

for i in range(m):

minDist = inf # 无穷大

minIndex = -1 #初始化

for j in range(k):

distJI = distMeas(centroids[j,:],dataSet[i,:]) # 计算各点与新的聚类中心的距离

if distJI < minDist: # 存储最小值，存储最小值所在位置

minDist = distJI

minIndex = j

if clusterAssment[i,0] != minIndex:

clusterChanged = True

clusterAssment[i,:] = minIndex,minDist**2

print centroids

for cent in range(k):

ptsInClust = dataSet[nonzero(clusterAssment[:,0].A== cent)[0]]

# nonzeros(a==k)返回数组a中值不为k的元素的下标

#print type(ptsInClust)

'''

#上式理解不了可见下面的，效果一样

#方法二把同一类点抓出来

ptsInClust=[]

for j in range(m):

if clusterAssment[j,0]==cent:

ptsInClust.append(dataSet[j].tolist()[0])

ptsInClust = mat(ptsInClust)

#tolist http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.ndarray.tolist.html

'''

centroids[cent,:] = mean(ptsInClust,axis=0) # 沿矩阵列方向进行均值计算,重新计算质心

return centroids,clusterAssment

dataMat =mat(loadDataSet('C:\\Users\\MrLevo\\Desktop\\machine_learning_in_action\\Ch10\\testSet.txt'))

myCentroids,clustAssing = kMeans(dataMat,4)

IDE上输出

[[ 0.44698578 3.66996803]

[ 4.4566098 1.69900322]

[-1.54424114 3.58626959]

[ 4.44813429 1.63720788]]

...

[[-2.46154315 2.78737555]

[ 2.6265299 3.10868015]

[-3.53973889 -2.89384326]

[ 2.65077367 -2.79019029]]

#四个聚类中心坐标如上，从图中可以看出，大概是这么个情况

设定不同k值，它会怎么聚类呢

以下是不同k的时候聚类情况

kmeans

K-means出现的问题

收敛于局部最小，而不是全局最小，因为刚开始的聚类中心是随机给定的，所以搞不好就陷入局部最小了，而度量聚类效果的指标是误差平方和SSE，误差越大，簇的效果越不好，解决这个问题的方法之一就是二分K-means

什么是二分K-means

简单的说，就是将所有点先看成一个簇，然后簇一分为二，依次选择其中的一个簇继续划分，选择哪一个簇进行划分取决于对其划分是否可以最大程度降低SSE的值。

实现过程

bikmeans流程

二分K-means代码

在原有代码基础上，添加biKmeans函数

# 构建二分k-均值聚类

def biKmeans(dataSet, k, distMeas=distEclud):

m = shape(dataSet)[0]

clusterAssment = mat(zeros((m,2))) # 初始化，簇点都为0

centroid0 = mean(dataSet, axis=0).tolist()[0] # 起始第一个聚类点，即所有点的质心

centList =[centroid0] # 质心存在一个列表中

for j in range(m):#calc initial Error

clusterAssment[j,1] = distMeas(mat(centroid0), dataSet[j,:])**2

# 计算各点与簇的距离，均方误差，大家都为簇0的群

while (len(centList) < k):

lowestSSE = inf

for i in range(len(centList)):

ptsInCurrCluster = dataSet[nonzero(clusterAssment[:,0].A==i)[0],:]#get the data points currently in cluster i

# 找出归为一类簇的点的集合，之后再进行二分，在其中的簇的群下再划分簇

#第一次循环时，i=0，相当于，一整个数据集都是属于0簇，取了全部的dataSet数据

centroidMat, splitClustAss = kMeans(ptsInCurrCluster, 2, distMeas)

#开始正常的一次二分簇点

#splitClustAss，类似于[0 2.3243]之类的，第一列是簇类，第二列是簇内点到簇点的误差

sseSplit = sum(splitClustAss[:,1]) # 再分后的误差和

sseNotSplit = sum(clusterAssment[nonzero(clusterAssment[:,0].A!=i)[0],1]) # 没分之前的误差

print "sseSplit: ",sseSplit

print "sseNotSplit: ",sseNotSplit

#至于第一次运行为什么出现seeNoSplit=0的情况，因为nonzero(clusterAssment[:,0].A!=i)[0]不存在，第一次的时候都属于编号为0的簇

if (sseSplit + sseNotSplit) < lowestSSE:

bestCentToSplit = i

bestNewCents = centroidMat

bestClustAss = splitClustAss.copy()

lowestSSE = sseSplit + sseNotSplit

# copy用法http://www.cnblogs.com/BeginMan/p/3197649.html

bestClustAss[nonzero(bestClustAss[:,0].A == 1)[0],0] = len(centList) #change 1 to 3,4, or whatever

bestClustAss[nonzero(bestClustAss[:,0].A == 0)[0],0] = bestCentToSplit

#至于nonzero(bestClustAss[:,0].A == 1)[0]其中的==1这簇点，由kMeans产生

print 'the bestCentToSplit is: ',bestCentToSplit

print 'the len of bestClustAss is: ', len(bestClustAss)

centList[bestCentToSplit] = bestNewCents[0,:].tolist()[0]#replace a centroid with two best centroids

centList.append(bestNewCents[1,:].tolist()[0])

clusterAssment[nonzero(clusterAssment[:,0].A == bestCentToSplit)[0],:]= bestClustAss#reassign new clusters, and SSE

return mat(centList), clusterAssment

效果如上图流程的第三幅可见，所以要讲的都写在注释上了，好好读代码，才是理解算法的唯一道路，光知道算法咋回事，自己重构不出，以后还是会忘的。

附录-matplotlib画图代码

# -*- coding: utf-8 -*-

from numpy import *

import matplotlib.pyplot as plt

import kMeans as km

#注意导入自己的Kmeans的py文件

data3 = mat(km.loadDataSet('C:\\Users\\MrLevo\\Desktop\\machine_learning_in_action\\Ch10\\testSet2.txt'))

centList,myNewAssments =km.biKmeans(data3,3)

###################创建图表2####################

plt.figure(2) #创建图表2

ax3 = plt.subplot() # 图表2中创建子图1

plt.title("biK-means Scatter")

plt.xlabel('x')

plt.ylabel('y')

ax3.scatter(data3[:,0],data3[:,1],color='b',marker='o',s=100)

ax3.scatter(centList[:,0],centList[:,1],color='r',marker='o',s=200,label='Cluster & K=3')

#显示label位置的函数

ax3.legend(loc='upper right')

plt.show()

核心语句解析

ptsInClust = dataSet[nonzero(clusterAssment[:,0].A== cent)[0]]

nonzeros(a)返回数组a中值不为零的元素的下标，它的返回值是一个长度为a.ndim(数组a的轴数)的元组，元组的每个元素都是一个整数数组，其值为非零元素的下标在对应轴上的值。

举例如下

>>> b1 = np.array([True, False, True, False])

>>> np.nonzero(b1)

(array([0, 2]),)

>>> b2 = np.array([[True, False, True], [True, False, False]])

>>> np.nonzero(b2)

(array([0, 0, 1]), array([0, 2, 0]))

再来个例子补充下

>>> a = np.arange(3*4*5).reshape(3,4,5)

>>> a[b2]

array([[ 0, 1, 2, 3, 4],

[10, 11, 12, 13, 14],

[20, 21, 22, 23, 24]])

>>> a[np.nonzero(b2)]

array([[ 0, 1, 2, 3, 4],

[10, 11, 12, 13, 14],

[20, 21, 22, 23, 24]]))

也就是说，找到True的条件，返回索引，ok，这就够用来解释那句话的了，因为返回的是array形式的，所以需要再对应的取值，具体的可以看源代码的解释语句，我还另外的写了个实现一样功能的代码片段，注释起来了，实现的是同样的算法，希望理解结构的时候能帮到你

ptsInClust=[]

for j in range(m):

if clusterAssment[j,0]==cent:

ptsInClust.append(dataSet[j].tolist()[0])

ptsInClust = mat(ptsInClust)

#tolist用法 http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.ndarray.tolist.html

致谢