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RSS订阅原创 配环境conda
conda install pytorch==2.0.0 torchvision==0.15.0 torchaudio==2.0.0 pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia -y
2024-07-19 15:41:30
324
原创 从json读取病灶轮廓信息画到原图中
# -*- coding:utf-8 -*-import os.pathfrom collections import defaultdict, OrderedDictimport jsonimport numpy as npimport cv2import json# /8Tdata/gaofei/data/tomo/tianjin/b1_106/image2/# /8Tdata/gaofei/data/tomo/tianjin/b2_400/image2/#json文件with.
2022-05-21 15:54:27
284
原创 从json读取轮廓信息画到原图中
# encoding:utf-8import json,xlwtdef writeM(file): # 0 1 title = ["patientID","nodeID ",# 2 3 4 5 6 7 "2D-是否可见", "2D-形状","2D-密度","2D-边缘","2D-伴随钙化",.
2022-05-21 15:30:22
353
原创 从mask读取轮廓点坐标到json文件
import osfrom collections import defaultdict, OrderedDictimport jsonimport numpy as npimport cv2import globclass NpEncoder(json.JSONEncoder): def default(self, obj): if isinstance(obj, np.integer): return int(obj) el.
2022-03-28 10:15:08
1451
原创 10折交叉验证
import osimport cv2import randomimport shutilimport numpy as npdef get_data_crop(k): # 获取所有病人序列名称与所有训练文件名称 name_list, file_list = [], [] for root, dirs, files in os.walk('./seg'): for f in files: if f.split('-')[0] n.
2022-03-15 14:56:53
2999
原创 显示图片灰度值/不同类别mask提取轮廓坐标并显示
import numpy as npimport cv2import osfrom PIL import Imageimport matplotlib.pyplot as pltimbgr = cv2.imread('./pre/1464455/068.png')imgray = cv2.imread('./data/068.png',0)# 以灰度图读取mask图片，那么不同物体对应的像素值是不同的，提取统一像素值的所有位置#img = Image.open('./data/2.
2022-03-05 11:47:13
4451
原创 png转nii
import nibabel as nibdef save_array_as_nii_volume(data, filename, reference_name=None): # img = sitk.GetImageFromArray(data) # if (reference_name is not None): # img_ref = sitk.ReadImage(reference_name) # img.CopyInformation(img_.
2022-02-18 20:48:45
358
原创 【无标题】
import SimpleITK as sitkimport globimport numpy as npfrom PIL import Imageimport cv2def save_array_as_nii_volume(data, filename, reference_name=None): img = sitk.GetImageFromArray(data) if (reference_name is not None): img_ref = si.
2022-02-18 20:47:42
52
原创 png转nii
import SimpleITK as sitkimport globimport numpy as npfrom PIL import Imageimport cv2def save_array_as_nii_volume(data, filename, reference_name=None): img = sitk.GetImageFromArray(data) if (reference_name is not None): img_ref = si.
2022-02-17 21:49:54
839
原创 dicom转nii
import osimport SimpleITK as sitkdef readdcm(filepath): #最终发现是输入路径有中文，SimpleITK.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(path)中path不能含有中文，否则无法读取。 series_id = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(filepath) series_file_names = sitk.ImageSe.
2022-02-17 20:36:06
409
原创 NMS减少框
import numpy as npdef NMS(nums, threshold): x1 = nums[:, 0] y1 = nums[:, 1] x2 = nums[:, 2] y2 = nums[:, 3] area = (x2 - x1) * (y2 - y1) score = nums[:, 4] score = np.argsort(score)[::-1] # 函数是将x中的元素从小到大排列，提取其对应的index(索引)，.
2022-01-03 19:56:26
1727
原创 Dice、Sensitivity、ppv、miou
def dice_coef(output, target):#output为预测结果 target为真实结果 smooth = 1e-5 #防止0除 if torch.is_tensor(output): output = torch.sigmoid(output).data.cpu().numpy() if torch.is_tensor(target): target = target.data.cpu().numpy() inter.
2022-01-03 19:55:32
340
原创 LI-RADS病灶分类读书笔记
通过参考经验丰富的放射科医生的放射学报告，并遵循以下标准将肝肿物分为5类:手术或活检后的组织病理学评估(A-C类);影像学标准(A类，早期增强和延迟洗脱;C类[高血管病变]，延迟相图像早期增强等衰减;C类[低血管病变]，动脉期低衰减，延迟期等衰减或低衰减;D类[血管瘤]，动脉期周围结节强化，延迟期呈向心型充血强化，或动脉期均匀强化[接近主动脉衰减]，延迟期高衰减;E类[囊肿]，水衰减，无明显对比度增强);分别用未增强、动脉期和延迟期CT图像进行训练像素大小：70*70CNN由几个层组成(6个卷积
2022-01-03 19:52:49
1072
原创 nnFormer阅读笔记
机构：香港大学 / 厦门大学相关工作（较新）：主干基于卷积/ 主干基于transform结构：流程图总揽 / 各个模块作介绍实验：有无预训练模型
2021-12-18 20:18:59
702
原创 记录训练过程
train_curve = list()def train_net(net, device, data_path, epochs=100, batch_size=4, lr=0.01): # 加载训练集 isbi_dataset = ISBI_Loader(data_path) train_loader = torch.utils.data.DataLoader(dataset=isbi_dataset, .
2021-09-30 10:18:08
283
原创 Python测指标模板
import cv2import globimport osimport numpy as npfrom medpy import metricdef calculate_metric_percase(pred, gt): # dice = metric.binary.dc(pred, gt) # jc = metric.binary.jc(pred, gt) hd = metric.binary.hd95(pred, gt) asd = metric.bina.
2021-09-15 21:47:54
1174
2
原创 TransUNet阅读笔记
机构：约翰·霍普金斯大学/ 中国电子科技大学/ 斯坦福德大学 / 华东师范大学相关工作：CNN / Transformpatch size 消融实验：8 / 16 / 32
2021-09-15 19:03:25
629
原创 Swin-Unet阅读笔记
数据集：ACDC/Synapse指标：dice / Hd相关工作：CNN /Transformer /Attention消融实验：上下采样/ 跳跃连接 / 图片输入大小
2021-09-15 15:47:55
567
2
原创 测指标SSMI
#测试预测与真值文件夹PSNR和SSIM#注意：需要两个文件夹有相同的顺序import cv2import globimport osfrom util.metrics import PSNRfrom util.metrics import SSIMpsnr_total = 0ssim_total = 0# predlist=glob.glob(os.path.join('../Datasets/GoPro/test/results/GoPro', "*"))#预测文件夹路径# g.
2021-09-09 21:32:08
256
原创 K折交叉验证
import osimport cv2import randomimport shutilimport numpy as npdef get_data_crop(k): # 获取所有病人序列名称与所有训练文件名称 name_list, file_list = [], [] for root, dirs, files in os.walk('./img'): for f in files: if f.split('-')[-2] .
2021-08-31 11:09:48
95
转载 python批量resize图片
'cv2'import cv2import osimport glob path = r'C:\Users\87419\Desktop\cg1\img\*.jpg'for i in glob.glob(path): im1 = cv2.imread(i) im2 = cv2.resize(im1,(256,256)) cv2.imwrite(os.path.join(r'C:\Users\87419\Desktop\cg1\resize',os.path.basenam.
2021-08-28 15:17:24
1341
2
原创 2021-08-25
输出中间训练过程图片 if step % 8000 == 0: s_img = image[0].permute(1, 2, 0).cpu().numpy().astype(np.int) s_lab = np.array(label[0].permute(1, 2, 0).cpu().numpy()*255, np.int) s_pre = np.array(torch.sigmoid(pred)[0].
2021-08-25 13:07:13
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原创 2020-11-14-Alexnet
第一周 Alex net2020-06-15 00:00 至 2021-12-31 00:00作业内容：1.文字回答：ImageNet数据集与ILSVRC之间的关系是什么？ImageNet数据是ILSVRC比赛使用的数据集2.文字回答：AlexNet训练过程的数据增强中，针对位置，采用什么方法将一张图片有可能变为2048张不一样的图片（1个像素值不一样，也叫不一样）？训练阶段：1.图片统一缩放至256*256 2.随机位置裁剪出224*224区域 3.随机进行水平翻转测试阶...
2020-11-15 09:33:34
66
原创 CCF第二题技巧
1.再卖菜：用两个数组存储 scanf("%d", &n); for(i = 1; i <= n * 2; i++) { scanf("%d%d", &ai, &bi); for(j = ai; j < bi; j++) cnt[j]++; }2.跳一跳：基础分+额外分 设...
2019-09-14 20:44:22
465
原创 201604-4 试题名称： 游戏 （BFS搜索迷宫）
#include<cstdio> #include<cstring> #include<queue> using namespace std;//不添加using namespace std queu报错 struct direct{ int dr,dc; }direct[4]={{-1,0},{1,0},{0,-1},{0,1}};...
2019-09-12 10:33:09
186
原创 201703-4 地铁修建 利用并查集确定连通性 和最大权值
#include<cstdio>#include<cstring>#include<iostream>#include<stack>#include<vector> #include<algorithm>using namespace std;int fa[1000];int map[999][999];//...
2019-09-11 21:16:28
91
1
原创 201709-4 试题名称： 通信网络（dfs）
#include <iostream>#include <cstring>#include <vector>using namespace std;int map[1010][1010];int vis[1010];vector<int> g[1010];int n,m;//把源头带进去dfs,每经过一个节点x，就让他和源头pre...
2019-09-11 18:14:52
173
原创 kruskal模板
#include <iostream>#include <cstdio>#include <cstdlib>#include <cmath>#include <string>#include <cstring>#include <algorithm>using namespace std;...
2019-09-06 11:20:18
90
原创 kruskal
#include <iostream>#include <cstdio>#include <cstring>#include <vector>#include <algorithm>using namespace std;struct Node{ int u; int v; int cost;}e...
2019-09-06 08:20:01
74
原创 #1097最小生成树一·Prim算法
#include <iostream>#include <cstdio>#include <cstring>#include <vector>using namespace std;int map[1001][1003];bool visited[1003];int dis[1003];int res; void prim(in...
2019-09-06 08:19:17
115
原创 1062最近公共祖先
#include "iostream"#include "string"#include "map"using namespace std;//map<key,>第一个参数为关键字不可以重复，一对一关系 map<string, string> fa;map<string, int> vis;void Find(string a, stri...
2019-09-05 17:49:56
63
原创 前序中序输出后序
#include "iostream"#include "string"#include "map"#include<queue>#include<cstdio>#include <string.h>#include "string"//样例输入//AB//BA//样例输出//BAvoid get_end(char *pre,char ...
2019-09-05 17:48:50
391
原创 进制转换
#include <cstdio>#include <cstring>//a进制转化为十进制 int main(){ int a=16,b=10; char str[40];// int n;// scanf("%d",&n);// while((n--)!=0){ scanf("%s",str); int temp=0,length=st...
2019-07-16 22:02:07
57
原创 数组下标差NMX
//二、数组题目描述：给定一组整数，将其依次放入数组中（数组下标从0开始）//存不存在两个整数，两者数值的差的绝对值等于给定值，而且其数组下标差的绝对值等于给定值。//输入描述：输入第一行包括一个整数N，代表整数的个数。输入第二行为给定的数值差M。输入第三行为给定的下标差X。输入第四行为相应个数的整数。//输出描述：如果存在则输出数字1，否则输出0。//示例：输入：5413 7 5 ...
2019-07-16 22:01:15
197
原创 回文串
//输入//一、回文题目描述：读入一串字符串（由数字或字母组成），判断字符串是否是“回文”，即正读和反读都一样的字符串。//输入描述：输入第一行包括一个整数N，代表字符串的长度。//第二行输入一行字符串。输出描述：如果字符串是回文，则输出数字1，否则输出0。//示例：输入：ABC23321CBA输出：1 #include<cstdio>#include<cstrin...
2019-07-16 21:58:39
108
原创 二叉树带权路径
#include<cstdio>#include<cmath>int main(){ int a[100]; int b[100]; int N; scanf("%d",&N); for(int i=0;i<N;i++){ scanf("%d",&a[i]); } b[0]=a[0]; int l=log(N)/log(2)...
2019-07-16 21:57:38
634
原创 2016--蓝桥杯C++--3--凑算式
/*凑算式 B DEFA + --- + ------- = 10 C GHI */#include<cstdio>int a[10]={0};bool b[10]={0};int count=0;void dfs(int cur){ if(cur>10)return ; if(cur==10){ int ...
2019-03-22 12:26:24
107
原创 2014第四届--蓝桥杯--9--地宫取宝
//要求比任意一个都大就记录当前最大值，每次与最大值进行比较#include<cstdio>int Map[100][100];//数组开的太大了容易报错 int k,n,m;long long ans=0;void dfs(int x,int y,int cur,int max){ if(x>n||y>m||cur>k)return ; if(x==...
2019-03-22 09:28:54
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空空如也
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