R语言搬运工
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R语言主成分分析PCA及factoextra包可视化学习笔记
主成分分析是我们在做统计的时候经常用到的数据处理方法,有很多的R语言包可以实现PCA分析,我们都可以去尝试着实现。原创 2022-05-07 10:23:11 · 745 阅读 · 0 评论 -
R语言非度量多维标尺排序NMDS及一般加性模型GAM映射教程
非度量多维标尺排序与一般加性模型教程原创 2022-05-03 20:46:34 · 746 阅读 · 0 评论 -
R语言13种相关性矩阵可视化方法汇总(ggpairs、corrgram、pheatmap、GGally、lattice、gclus、ggcorrplot、corrplot)
相关数据矩阵相信大家不是十分的陌生,在数据分析中经常使用到。我们常见的相关数据矩阵主要是通过热图的形式展现,那么在R语言里面又是怎样全面的对相关数据矩阵进行展示的呢?今天我们整理了R语言里面常用的13种相关数据矩阵展示方法,希望对大家有所帮助。原创 2022-04-21 15:33:09 · 2307 阅读 · 0 评论 -
R语言主题风格—ggthemes和hrbrthemes包绘图风格总览参考手册
链接:教程文档下载.pdf交流分享扣扣群:925920448\color{red}{交流分享扣扣群:925920448}交流分享扣扣群:925920448使用ggplot2包绘制图形的时候经常需要修改参数调整图形线图、颜色等元素。为了能够方便的达到效果,ggthemes包为我们整理了常用的一些主题风格,不需要我们一个个的参数去调整了,可以一步出图。由于涉及的相对有点多,整理了一份参考手册供大家参考学习:需要教程的可以点击上方的链接,下载一份高清PDF保存留着后边用\color{red}{需要教程的可以原创 2022-04-01 21:56:50 · 1200 阅读 · 0 评论 -
ggplot2线图(面积图)下面填充不同颜色教程(正负线图)
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ggplot2绘制数据分布crossbar图教程
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ggfittext添加文本填充+文本弯曲处理教程
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R语言ggridges包绘制漂亮的峰峦图(山脊图)-下篇
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R语言ggridges包绘制漂亮的峰峦图(山脊图)-上篇
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ggrepel给你的图形加文本标注的详细讲解(上篇)
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ggrepel给你的图形加文本标注的详细讲解(中篇)
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ggrepel给你的图形加文本标注的详细讲解(下篇)
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ggplot2+patchwork绘制SCI论文中的对比条形图
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ggplot2等高线图绘制教程(geom_contour)
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beanplot豆荚图绘图教程
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ggplot2+ggparttern 条形图纹理图案填充加显著性标注教程
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ggplot2+ggtext实现条形图文本标注(SCI论文图复制绘图)
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ggplot2图例修改大全(移除、标题、标签、顺序、背景、位置等)
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R语言—雷达图绘图详解(fmsb包、ggradar包、plotly包)
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R_ggplot2_坡度图绘制代码分享~~~
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R_ggplot2_哑铃图绘制代码分享~~
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R语言ggupset绘图教程(中文)
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R语言_ggplot2_点密度图绘制方法汇总
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,关注公众号浏览更多精彩内容(文末二维码)点图是我们平时绘图中经常使用到的数据展示类型,当点非常多的时候,难免会有重叠在一起的情况,这时候如何通过图形告诉阅读者在哪些区域点分布的数量较多是非常重要的。前面我们分享了将点分布密度映射为等高线来展示数据分布的方法,本文我们介绍通过ggpointdensity包根据相邻点的数量进行梯度着色的方法。安装包:install.packages("ggpointdensity")加载使用的包library(ggplot2)原创 2021-11-12 22:20:21 · 730 阅读 · 0 评论 -
R语言_ggplot2_聊聊Y轴截断(ggbreak)绘图
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,关注公众号浏览更多精彩内容在我们实际绘图中,如果单个数据数值比较大的时候,往往会显得鹤立鸡群、独树一帜,不对,应该是比较炸眼。比如,使用柱形图展示数据的分布大小时,就有一个或多个数据是其他数据的几倍甚至几十倍,绘图后因为Y轴测度的问题,数值较小的类群就被压缩的很低了。解决这一问题的方法就是通过将坐标轴截断将不同类群尽量拉近一些。坐标轴截断图在其他绘图软件(ORANGE)中比较容易实现,在R语言中也有相应的包进行绘制。首先,使用ggplot绘制一个简单的柱形图原创 2021-11-12 22:12:39 · 3758 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图-ggplot给你的的箱型图boxplot找个伴
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R语言ggdist_必看的数据分布类型图(眼图、半提琴图、点隔断图、梯度图、点阵图、直方图)
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容ggdist语言包为统计学中不确定性概率分布提供可视化途径,只要针对于频率论和贝叶斯论两个主要理论方向提供可视化作图方法。有关于这两大理论异同点,感兴趣的可以去查一下。该语言包针对于已有的数据,基于分布模型拟合方程进行绘图展示。当然,包里也提供我们对原始数据的简单视图函数,比如像我们常用的频率分布图等,下面,我们一步步的看一下该包的强大绘图功能。▉ 安装包install.packages("ggdist")▉导入使用的包lib原创 2021-10-30 17:37:50 · 453 阅读 · 0 评论 -
R语言甜甜的棒棒糖图给你们
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容原文链接当我们面对一列数据的时候,如何很好的展示数据的高低分布是经常面对的问题,柱形图、折线图等是我们经常使用到的展示方法。然而,我们可以考虑使用其他的图达到更好的展示效果,棒棒糖图就是很好的选择。下面以一个数据为例进行展示,数据为小编近三周的花费:首先,我们可以使用柱状图展示近三周每一天的消费水平,代码和图如下:library(ggplot2)ggplot(df,aes(day,money))+ geom_bar(s原创 2021-10-23 16:23:55 · 297 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图lemon包给X轴添加中括号
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容原文链接当我们使用点阵图展示数据分布规律的时候,可以将X轴以中括号的形式限制每个变量,这样在视觉效果上更加直观且丰富。实现这一目标可以使用lemon包进行。包的安装和运行相对比较简单,可以直接通过代码进行学习。注意观察X轴的展示方式library(lemon)data(diamonds)ggplot(diamonds, aes(x=cut, y=price,color=clarity)) + geom_point原创 2021-10-17 22:47:38 · 392 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图-切口箱线图boxplot
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容上图为使用ggplot2包绘制的箱型图,中间加了切口,切口的大小可以通过参数进行调节,使用的数据集为diamonds数据。library(ggplot2)data(diamonds)ggplot(diamonds)+ geom_boxplot(aes(cut,price,fill=cut),notch=T,notchwidth=0.2,varwidth = T)+ scale_fill_manual(values=原创 2021-10-15 21:04:35 · 670 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2图例多个颜色映射分离
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容原文连接当我们绘图的时候,为了使绘图视觉效果更加美观,通常根据分类变量添加颜色映射、形状映射或者填充色映射等等,如果只是相同的分类变量且映射的对象也是相同的,那么出图没有什么问题。然而,这时候问题来了,如果你绘图代码中有两个或者两个以上的映射都是针对对于同一个变量且都是颜色映射,绘图就会出现问题,包括图例。讲的太多可能不能理解,看个例子吧!使用的数据为小编近三个周每天的消费,mood为小编当天的心情(感觉自己精神波澜起伏有问题)原创 2021-10-12 23:17:55 · 604 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图-抖动点图(jitter)绘制指南
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容往期精彩:线图详解点阵图详解柱状图(条形图)详解箱线图(盒须图)详解在科研论文中,我们经常看到作者为展示数据点的分布范围,通过绘制箱型图直观的展示,其实,现在越来越多的作者更喜欢用抖动点图达到更好的可视化效果。此文以ggplot2和ggbeeswarm两个包展示一下抖动点图的绘制效果。▉ggplot2中的geom_jitterlibrary(ggplot2)ggplot(iris,aes(Species,Sepal.W原创 2021-10-11 14:03:18 · 3136 阅读 · 0 评论 -
你可能还没有修改过的线形参数geom_line
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容往期精彩:点阵图dotplot解决坐标轴测度问题柱状图加误差棒主成分分析PCA加置信区间线图在统计绘图中是比较常见的图形之一,在上几篇文章中我们也介绍了线图的绘制方法,但是没有展开讲线图的参数设置。这一篇我们主要讲一下线图的参数调节。通常,在ggplot2包中,geom_line()和geom_path()用来绘制线图,常用的调节参数,比如线形、颜色、大小等都不过多细讲,通过help命令也可以查到相关的内容。但是,还有我们原创 2021-10-08 12:19:12 · 970 阅读 · 0 评论 -
点阵图dotplot参数详解
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容目前,越来越多的科研论文开始使用点阵图来展示数据的分布范围,点阵图可以更好的表现出数据点的分布模式,进而让读者能够直观的理解图像表达的意思。ggplot2包和ggpubr提供了绘制点阵图的函数,下面分别进行讲解ggpubr:ggdotplot首先绘制简单的点阵图:library(ggplot2)library(ggpubr)# Load datadata("ToothGrowth")df <- ToothGro原创 2021-09-28 09:06:56 · 2505 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图-解决坐标轴测度问题
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容在绘图时,需要对X轴和Y轴进行调整,scale为调整两轴的参数提供了帮助。以几个例子来看一下,使用数据为小编近三周的花费。首先以点图来看连续型X轴的调整:library(ggplot2)ggplot(df) + geom_point(aes(day, money, colour = week_n))上图为默认绘制的图,下面调整X轴的显示范围:(通过参数limits调整)ggplot(df) + geom_point(原创 2021-09-22 08:58:13 · 613 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图基础篇-连续型二元变量绘图
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容、绘制点密度图已成为点图增强可视化效果的重要方式,根据点的分布模式添加透明度、密度线等可以带来不一样的视觉效果。以下内容参考R语言绘图书籍:Guide to Create Beautiful Graphics in R,作者 Alboukadel Kassambara先看个例子:data(diamonds)head(diamonds[, c("carat", "price")])p <- ggplot(diamonds原创 2021-09-18 16:28:37 · 831 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图基础篇-柱状图加误差棒
**此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容****上一篇介绍了如何在ggplot2中绘制柱形图,实际中根据数据形式需要添加误差棒,这也是在科研绘图中经常遇到的,比如根据数据平均值绘制的柱形图往往要求添加误差棒。误差棒的添加首先要计算每个分组下的误差值,然后添加。还是以小编近三周的生活消费数据为例子(炫穷开始)数据中,money变量为一天的总消费,Lunch为午餐消费先编写个代码计算每一周的总消费和午餐消费的平均值与误差值,这里需要说明,误差值为计算的标准误,而原创 2021-09-16 09:31:57 · 2919 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图patchwork拼图详解快速实现组合图拼接
**此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容**我们在实际科研绘图或者写报告的时候,往往会同时出多幅统计图,如何将他们拼在一起是即将或者正在面临的问题。R语言绘图时,可以提前将绘图窗口设置成不同的分区,比如函数par(mforw=c(3,2))可以将绘图区分为不同的区块,然后出图一次排列;或者先单幅的绘制,然后在PS或者Illustrator里面去拼接。但是,这样的分区总是有一定的局限性,在使用ggplot2绘图时,如何根据不同图形的形状和大小,以及重要性进行人为的排列原创 2021-09-10 15:25:13 · 2867 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图基础篇-柱状图
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容ggplot2包绘制柱状图相对简单,参数调节也很容易实现,下面一步一步的介绍用到了主要参数及绘图结果:使用的数据为小编近三周每天的生活费数据(感觉自己好穷)df <- read.table("clipboard",header=T,sep='\t')library(ggplot2)p <- ggplot(df,aes(week,money))p+geom_bar(stat = 'identity')一键搞原创 2021-09-08 14:36:35 · 4320 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图小技巧篇-添加相关参数
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容当绘制点图并添加拟合曲线的时候,往往需要将相关系数和显著性水平也加入到图片中,这时候怎么绘制是经常碰见的问题。为方便快捷的解决这个问题,使用ggpubr包stat_cor就可以实现。首先计算相关系数,然后使用函数annotate添加:library(ggplot2)data(mtcars)df <- mtcarsdf$cyl <- as.factor(df$cyl)cor.test(df$mpg,df$wt原创 2021-09-02 08:42:29 · 320 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图基础篇-PCA加置信圈
此文内容来自微信公众号:R语言搬运工,扫码关注公众号浏览更多精彩内容在科研论文中,经常看到有绘图后根据分组再点图外围加一个圆圈或者多边形,这样的图怎样实现呢?如下图:图片源自文献Identifying sagittal otoliths of Mediterranean Sea gobies:variability among phylogenetic lineages图片源自Otolith shape analysis as a tool to infer the population st原创 2021-08-26 18:17:42 · 1519 阅读 · 0 评论