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R 相关技巧和备忘

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R语言使用观念和小技巧

1. 当输入错误代码，命令行出现+符号，按esc结束，重新输入。

2. 选中函数，点击F1回跳出帮助文件。

3. mapping=aes，注意出现类似mapping错误的时候别忘记是aes的问题。

4. ggplot速查表：http://rstudio.com/cheatsheets。

5. 图形映射都有图例，也就是在aes中的变量。x,y轴可以看作的x,y的图例。

6. 在geom中设置show.legend=F,可以去除图例。

7. Rsrudio在当前目录打开脚本文件，可以设置目录默认切换到当前工作目录。

8. 千万不要设置绝对路径，保证代码的可移植性。

9. tab键的重要性。

10. 尽量不去使用.R去写代码。使用proj或者Rmd。

11. 面对键盘忘代码？快去封装小函数吧，轮子越多跑的越快。

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Markdown使用

01. Markdown展示表格

kable函数优化R语言中的数据展示方式

kable(head(tab))

02. 表格输出：输出字符串不带引号

在输出中添加参数quote = F即可输出为不加引号的字符串。

write.table(quote = F)

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图形

01. 修改图例为斜体

##修改图例为斜体
legend.text = element_text(size = 15,face = "italic")

修改图例为加粗斜体

##修改图例为斜体
legend.text = element_text(size = 15,face = "bold.italic")

02. 修改字体

# 首次需要安装win字体并导入
#install.packages("extrafont")
# library(extrafont)

loadfonts(device="win")
fonts()

####图形：保存图片

#一种方式
ggsave("tax_stack_phylumpro_sample.pdf", p, width = 10, height = 6)
#另外一种
pdf("a2_PLSDA分泌物四组出图.pdf", width = 10, height = 6)

dev.off()
#第三种
tiff(file="alpha_chao1.tif", res = 300, compression = "none", width=180,height=140,units= "mm")# res = 300分辨率,units= "mm"高度和宽度的单位

dev.off()

03. ggsave保存中文正确用法

#install.packages('Cairo')
library("Cairo")
#ggsave("geo_Fus_wilt1.pdf", p1, width = 12, height =8 )

ggsave("geo_Fus_wilt.pdf", p1, width = 12, height =8 , device = cairo_pdf, family = "Song")

04. R字体调整为新罗马字体

####这种方式将所有字体调整为新罗马字体####
windowsFonts(myFont = windowsFont("Times New Roman"))
p + theme_gray(base_size = 20, base_family = "myFont")

05. 人工设定颜色

这里补充一些常见的颜色，用于绘图

mi=c("#1B9E77" ,"#D95F02", "#7570B3","#E7298A")

06. ggplot主题修改模板

注意只有theme中的才算做主图，用于保存。

p =p+theme_bw()+
  theme(

    panel.grid.major=element_blank(),
    panel.g