三维图像处理_CT/MRI等二维图像处理及三维重构的一些看法

时隔数年，又回到知乎，对这个知识分享平台（说不上是知识吧，经验？个人理解？，毕竟还算比某引擎搜索的全是广告来的靠谱）感觉还算挺亲切的。

三维重构或者说三维可视化

目前刚好涉及到这一块，浅浅的说下吧（流水账，内容所含的某某单位某某朋友，只是讲讲故事，大家乐呵一下，并无他意）

1、设备

这就多了，医学CT、MRI、工业CT、FIB等等；微米级、纳米级等等；价格百万级到千万级；医学CT一般是毫米级吧：曾有个朋友的单位，号称某地区首个购买最高级医用CT，而该单位并非是医院，而是一个做工程材料单位，听到这个比较吃惊；自然，单位买了是要用的，不过呢，更吃惊的是，这台设备竟成了该地区有名的可对外开放的医用设备，很多医院的病人直接去该单位去拍片；

MRI相对来说还是医院用的多，另一个朋友，他是做材料相关，想获得三维重构模型，因为他对这一块是刚接触，并不十分了解，直接去找有MRI设备的单位搞合作，到了之后发现，问题很大，MRI扫描需要往里面灌水，但是这种材料见不得水，遇水就变化，最后给他推荐了工业CT。用工业CT的厂家来扫，收费应该在几千量级；

FIB，这个大家应该都熟悉，比较高高高高端，价格高，门槛也高，国内拥有的单位屈指可数，我知道的北京、浙江、武汉、西安那边的单位是买过；基本上一个省份两台左右就很不错了；这设备，买的时候贵，用的时候也贵；从我另另一个朋友那里听说，单位对外收费是按次，扫一次2-3万；也有按时间收费；我另另另一个朋友，单位买了FIB之后，基本上就是搁置接灰，但就是不对外开放。

2、图像数据的三维重构或者说三维可视化

我对图像数据的三维重构或者说三维可视化的软件接触，比设备多；像楼上提到的VG Studio Max，Avizo/Amira，Mimics，ORS/Dragonfly都是很好的软件；VG Studio Max了解的比较少，Avizo/Amira是一个公司的，Mimics应该是我最早听说的一个软件，医学方面用的特别多，特别是医院，基本上稍微大型点的医院都在用，但是在其他领域相对医学领域就少多了；ORS/Dragonfly是加拿大的，这个是我接触或者说是用的比较多的；据说，加拿大做的软件产品一般都是针对某个行业里某个研究方向的非常专业的产品，而且都还很贵，但是这个软件相对其他的来说性价比算是超高的。可以到 http://www.Dragonflysoft.cn 去了解；医学、材料、岩土都有用。

这类软件，功能上大同小异，比如图像处理、图像分割、图像渲染、图像分析等等。选择软件其实最主要的还是适合自己，比如功能、比如易用性、如果还有更深入的学习和研究，还可以开发一些自己东西。

在国内，老外的产品也是比较适应国情，很多都有中英文界面，但是又有很多软件不具备，所以特别是搞工程的抱怨，就单单理解英文就很头疼了；三维重构软件稍微还好一些，当然，有中文界面会更好用更友好一些；

这类软件，可以说是从功能上，面向的是不同的用户群，比如某一个产品比较擅长一个领域，如果要用到其他领域，有些功能就可能捉襟见肘，因为该领域的一些需求比如参数它是没法实现的。

功能上，比如都具备各种图形处理算法，有的算法开源，功能上基本上都能满足；虽然都是大同小异，但是很多细节上还是有很多不同的地方，比如，拿来的数据CT设备没法一次扫完，可能一个样本要分成几个小部分分别来扫，那后面重构就比较麻烦，如何拼接，如何找定位，如何对齐？再比如，如果还原后的三维图像，发现某一个三维区域并不是我向要的，难得还要我回头把原始数据一张一张的用笔刷擦掉吗，就不能直接在三维图像里面直接把这个三维区域擦掉吗？再比如，有些设置一般都是自动的，如果不满足要求，难得就不能自己手动调参数吗？做工程的话，定量和量化分析是十分重要的，比如容积比、空间分布、区域大小、连通性、孔隙率、频谱等等。

软件作为一个产品，能否用好重要的还是用软件的人。这类软件更确切的说就是一工具，比如一把铁锨，用来挖坑填坑刨土没毛病吧，挖圆形坑方形坑、深坑浅坑，还可以挖渠道把水引到坑里，那可以把它打磨做一把刀，砍削刺刮，，，，，有时候看到有人说，哎呀这坑挖的不好啊，那能怪铁锨吗，老铁，哈哈哈；还有的软件额外加了一些功能，比如计算，这些功能在图像处理领域显得非常高大上，但是在计算领域就非常的弱和low，就像某些CAD软件里面加一些计算分析比如结构应力、热、电磁等等功能，专业软件加一些非专业的东西，不是显得很鸡肋吗，除非有特别的目的(噱头？完善产品线来固化客户？)，那些专业做CAE计算的ANSYS Abaqus表示很无视。还是专业的软件做专业的事情比较好。

作为一个工具，如果开放程度不够，可能在用户的深入体验上略显欠佳。很多软件保留有二次开发或者开发接口，目前好多软件基本Pyhton来开发，也可以与pyhton一起完成深度的定制开发，搞一些自己的东西，这个我还没有研究过，倒是有个朋友在做这一块。特别是医学领域，图像处理、分割、提取用的算法非常非常多，而且如果大量图片，比如CT扫描，微米级或者纳米级的数据估计就上千张几十个G，不可能每张都人工处理啊，如果有批处理或者自己通过软件接口编程来实现批处理不就一劳永逸了，而且现在比较火的基于神经网络的深度学习便也可以实现这一繁琐操作，这些没深入研究过，大家感兴趣的可以关注。

写的很乱，只是想针对自己了解比较多的事情表达下个人的一些理解，供了解吧，其他方面接触的少，大神们勿喷，还请给予更多的科普；如果有涉及到哪些敏感问题，侵删！