宏转录组方法_综述:分析微生物组的最佳做法

本文讨论了微生物组学研究的各个阶段，从设计实验到收集和储存样本，到最后序列数据的图形展示等，有助于研究人员考虑实验和分析中遇到的各种影响因素，指导我们更好地进行微生物组学研究。

分析微生物组的最佳做法

Best practices for analyzing microbiomes

作者：Rob Knight, Alison Vrbanac, et al.

时间：2018.5

期刊：Nature Reviews Microbiology

IF：31.851

DOI: 10.1038/s41579-018-0029-9

一、摘要

复杂的微生物群落塑造了从哺乳动物胃肠道到土壤各种环境的动态变化。与早期方法相比，DNA测序技术和数据分析的进步为微生物组分析提供了极大改进，例如，在分类学分辨率、错误发现率控制和其他特性上。在这篇综述中，作者讨论了进行微生物组学研究的最佳方法，包括实验设计、分子分析技术的选择、数据分析方法和多组学数据集的整合。最近研究结果表明，以可操作分类单元为基础的分析，应替换为基于精确的序列变异、整合宏基因组和代谢组学，以及围绕成分数据分析问题的新方法，而这些新方法的进展也非常迅速。同时，作者也指出，尽管其中一些方法是新的，但重要的是要注意在实验设计过程中出现的经典问题，并要与研究重现性相关。作者描述了如何将这些议题聚焦，使研究人员能够从他们的微生物组数据中获得更多信息。

二、主要结果

图1 微生物组实验的实验设计考虑因素

开展一个强有力的微生物组实验，需要对许多因素进行仔细考虑。