matlab计算每个细胞面积,手把手教你用Imaris 计算细胞面积

手把手教你用Imaris 计算细胞面积以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容，让我们赶快一起来看一下吧！

收了这份AI 科研插图教程，你就是CNS 级的配图大师了写文章吐槽自己的博士生活，都能发Science？我好酸呀…某「知名国际期刊」：受精卵或非生命起点。这结论是认真的吗…这项诺贝尔奖技术，成功应用于治脱发，被评为可彻底改变头发再生的重大突破

老话重提，统计图，和科研领域里的大多数图像数据伴生，是一种大家喜闻乐见的，直观表现数据结果的形式。只要是个图如果没有伴随统计，reviewers总会叨叨「请给出统计结果」。加上统计数据的文章看起来的确更具说服力呢！之前我们推出的第一个教程《手把手教你用软件便捷地数细胞》，既教你认识这个软件Imaris，又教你怎么数密密麻麻的细胞，区分不同的marker阳性的细胞以及计数它们。

那么问题来了，如果有人并不关心细胞数量，而关心细胞的面积，那该如何是好呢？

一般在研究细胞生长时候非常实用，如评估同等量细胞的生长速度，通过比较体外培养细胞的汇合率来得到初步结论；或研究不同类型细胞的表面积，给细胞分型。举个例子(为了保护自己的数据隐私，我只是随便拿个废弃的不怎好看的图来演示如何使用软件)

1.打开软件Imaris，打开图片，在工具栏点击「surface」按钮(红色箭头所示)，即可出现如蓝框所示的Surface 1。

2. 让大家看一眼原始的图片，并明确下此行目的：将当前界面红色阳性的区域的表面积计算出来(你也可以计算明场细胞的面积，细胞核的面积等等)。

3.点击左下方「Next」朝右的箭头(红色箭头所示)，此处先不要点击橘黄色箭头所示的方框，自动完成的surface可能不那么准确，但是如果你只是大略看看面积，建议使用automatic creation，一步到位。

4. 之后界面变成2/4 Algorithm，此时可以调节的界面有Smooth.

5.接着点击「Next」的蓝色箭头，系统开始创建surface，界面转换为下面的样子。之前红色信号阳性的区域被灰色的实心区域覆蓋。

通过调节红色方框highlight 的浅黄色矩形的面积可以让surface 被创建的更密集or 稀疏(调大黄色区域，更密集；反之更稀疏)。

6. 当发现自动调节的阈值覆蓋了更多的区域——如靠上面的面积非常小的红色信号区域也被灰色的surface 覆蓋了，但是这些显然并不是细胞，那么我们就往右拖动浅黄色区域，得到如下的图。

7.点击「Next」，得到如下被加工好的图。系统将灰色变成了白色，通过视觉变化决定是否对图进行调整，此时可以回到4个进程的任何一步再进行修缮，确定没有修改之处后再进行下一步来最终确认所有的操作。

8.点击「完成」按钮(红色箭头所示)，此时开弓没有回头箭了，且我们也将要得到我们想要的分析结果。

9. 完成(此时建立的surface 变成通道颜色-红色。并且与之前的信号叠加起来。可以点击勾掉通道萤光，只留下surface，观察一下是否合意)。

10. 如下是仅有surface 的界面(和原始图片比较一下，更好看了呢)。

11. 在(红色矩形标记的)数据曲线处的detailed 栏目里可以找到图中所有(specific values)的surface 的面积(Area)数据。

12. 将这些数据复制或者输出(点击下方的保存按钮)到excel 里。进行统计分析。针对体外培养的细胞，有时会有一些杂质，此时可以在excel里将不是细胞大小的全部去掉即得到了所有surface的面积信息。

当然关于surface 的萤光强度、位置等信息也可以一并在Imaris 软件中的Detailed 栏目的下拉框中选择并保存获取。

13. 如果是体外培养细胞分析汇合率，则从拍摄软件中可以获取整个图片区域的面积(或者从Imaris 里获取，如下图，获得XY 轴的最大量程计算表面积)，并用总的细胞面积除以区域总面积获得汇合率。

今天的分享结束啦，敬请期待后续的系列教程哦~

封面来源：站酷海洛Plus 图片来源：作者提供 照片由Chokniti Khongchum从Pexels

话题： IMARIS, reviewers, 细胞结构生物显微影像分析软体, 细胞面积

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