r语言的runmed函数_R语言学习笔记之聚类分析

原标题：R语言学习笔记之聚类分析

感谢关注天善智能，走好数据之路↑↑↑

欢迎关注天善智能，我们是专注于商业智能BI，人工智能AI，大数据分析与挖掘领域的垂直社区，学习，问答、求职一站式搞定！

对商业智能BI、大数据分析挖掘、机器学习，python，R等数据领域感兴趣的同学加微信：tstoutiao，邀请你进入数据爱好者交流群，数据爱好者们都在这儿。

作者简介：

taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。

个人博客: https://ytlogos.github.io/

使用k-means聚类所需的包：

factoextra & cluster #加载包

library(factoextra)

library(cluster)l

#数据准备使用内置的R数据集USArrests

#load the dataset

data("USArrests")

#remove any missing value (i.e, NA values for not available)

#That might be present in the data

USArrests

head(USArrests, n=6)

在此数据集中，列是变量，行是观测值在聚类之前我们可以先进行一些必要的数据检查即数据描述性统计，如平均值、标准差等

desc_stats

Med=apply(USArrests, 2, median),#median

Mean=apply(USArrests, 2, mean),#mean

SD=apply(USArrests, 2, sd),#Standard deviation

Max=apply(USArrests, 2, max)#maximum

)

desc_stats

变量有很大的方差及均值时需进行标准化

df

#数据集群性评估使用get_clust_tendency()计算Hopkins统计量

res

res$hopkins_stat

## [1] 0.3440875

#Visualize the dissimilarity matrix

res$plot

Hopkins统计量的值<0.5，表明数据是高度可聚合的。另外，从图中也可以看出数据可聚合。

#估计聚合簇数由于k均值聚类需要指定要生成的聚类数量，因此我们将使用函数clusGap()来计算用于估计最优聚类数。函数fviz_gap_stat()用于可视化。

set.seed(123)

## Compute the gap statistic

gap_stat

# Plot the result

fviz_gap_stat(gap_stat)

图中显示最佳为聚成四类(k=4)

#进行聚类

set.seed(123)

km.res

head(km.res$cluster, 20)

# Visualize clusters using factoextrafviz_cluster(km.res, USArrests)

#检查cluster silhouette图

Recall that the silhouette measures (SiSi) how similar an object ii is to the the other objects in its own cluster versus those in the neighbor cluster. SiSi values range from 1 to - 1:

A value of SiSi close to 1 indicates that the object is well clustered. In the other words, the object ii is similar to the other objects in its group.

A value of SiSi close to -1 indicates that the object is poorly clustered, and that assignment to some other cluster would probably improve the overall results.

sil

#Visualizefviz_silhouette(sil)

图中可以看出有负值，可以通过函数silhouette()确定是哪个观测值

neg_sil_index

#eclust():增强的聚类分析

与其他聚类分析包相比，eclust()有以下优点：

简化了聚类分析的工作流程

可以用于计算层次聚类和分区聚类

eclust()自动计算最佳聚类簇数。

自动提供Silhouette plot

可以结合ggplot2绘制优美的图形

#使用eclust()的K均值聚类

# Compute k-meansres.km

# Gap statistic plotfviz_gap_stat(res.km$gap_stat)

# Silhouette plotfviz_silhouette(res.km)## cluster size ave.sil.width## 1 1 13 0.31## 2 2 29 0.38## 3 3 8 0.39

#使用eclust()的层次聚类

# Enhanced hierarchical clusteringres.hc

#下面的R代码生成Silhouette plot和分层聚类散点图。fviz_silhouette(res.hc) # silhouette plot## cluster size ave.sil.width## 1 1 19 0.26## 2 2 19 0.28## 3 3 12 0.43

fviz_cluster(res.hc) # scatter plot

#Infos

This analysis has been performed using R software (R version 3.3.2)

责任编辑：