linux做溶菌酶教程时怎么去掉结晶水,MD基本教程-溶菌酶的水溶液的MD模拟

溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程

GROMACS是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工具[1]。这个软件包遵守GNU协议，因此可以免费从其主页(http://www.doczj.com/doc/60fe182b7375a417866f8fca.html)上下载。GROMACS可以在linux、unix和Windows上使用。

第一步建立拓扑结构

本教程使用鸡蛋清溶菌酶(PDB code：1AK1)作为目标蛋白质。首先需要从RCSB(http://www.doczj.com/doc/60fe182b7375a417866f8fca.html/pdb/home/home.do)网站下载其三维结构文件。然后通过诸如SYBYL、Discovery Studio、VMD、Chimera和PyMOL等图形显示软件分析其三维结构。根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子。例如，在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时，结合在活性位点附近的水分子就必须保留。但如果利用MD模拟研究蛋白质的构象转换时，蛋白质中的结晶水就可以删除。删除PDB文件中分子可以利用简单的文本编辑软件如vi(Linux)、emacs (Linux/Mac)和Notepad (Windows) 删除这些分子所对应的条目。例如，如果要删除文件中高的结晶水就可以将PDB文件中的所有“HOH”残基删除。切记不要用文字处理软件Word处理该文件。

在运行pdb2gmx程序之前，一定要检查pdb文件中的MISSING条目。这些条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基。这一步是必须做的，因为不完全氨基酸残基或分子都会导致pdb2gmx命令的失败。这些遗失的原子或残基必须利用其他的软件补充完整。但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行造成影响，但有可能会对结果有影响。此外，还要注意pdb2gmx程序并不是万能的，它并不能为所有的分子建立拓扑结构，仅能对一些力场中定义好的分子才有效，例如大部分蛋白质，核酸，还有一些辅因子如NAD、NADH 、ATP和ADP 等。此外，一些糖类(海藻糖等)的力场也都定义好，可以从力场文件中获得。因此，如果目标蛋白质含有小分子配基的，在运行该软件之前就需要先用简单的文本编辑软件将配基删除。最后除去结晶水和小分子配基，同时确保所有必需原子存在，此时的PDB文件中只含蛋白质原子，现在可以运行pdb2gmx命令了。

常用pdb2gmx命令的详细参数：

pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1conf.gro –p conf.top –ignh