Phd丨jay的博客

起风了,唯有努力生存;纵有疾风起,人生不言弃。

GROMACS中mdp文件注解小结

;预处理 title = OPLS Lysozyme MD ; 标题,可任意定义(最长64个字,简单点好) cpp = /lib/cpp ; 预处理器,与C/C++的预处理器一样,默认为(/lib/cpp) include = ; 引用文件,即拓扑文件中引用其他文件的路径,引用方式与C/C++ 引...

2018-12-28 11:00:50

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gromcas 分析NAMD轨迹文件dcd

gromacs计算rmsd g_rms -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd -s 参考结构,这里选取轨迹的第一帧。-f 轨迹文件 gromacs计算rmsf g_rmsf -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd...

2018-12-28 10:49:23

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研究生从事学术研究的赫曼法则(The Laws of Herman)。

这20条法则的内容是(译文主要根据个人的理解,不妥或错误之处,请指正):   1、在做学位论文期间,不要有任何度假休息的打算。   2、科学研究中,记住这个原则:重要的是什么是正确的,而不是谁是正确的。   3、在思想上,你要相信:多数情况下,无论学术研究还是其它事情,导师错的时候不多...

2018-12-28 10:42:40

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初涉科研生涯的四个黄金戒律

2003年Nature (2003, 426:389)上有一篇文章,是德克萨斯大学物理系的著名物理学家Steven Weinberg写的 “Four Golden Lessons”,是科学家对初涉科研生涯的学子们的一些忠告。暂且译为“四个黄金戒律”,内容编译如下:   1.边干边学,不要彷徨。...

2018-12-28 10:41:35

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NAMD跑分子动力学模拟出现的一些问题(更新中)

1.能量最小化平衡的时候,如果没有控制好NVT,会出现盒子变小,蛋白跑出水盒子。但是如果仅仅是控制体积不变,又会造成盒子内溶剂密度太小,产生‘Periodic cell has become too small for original patch grid!’这个错误。 NVT: # Pre...

2018-12-28 10:35:15

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matlab读取NAMD轨迹dcd文件

* Example usage * 1. alanin.dcd is a DCD file containing 100 frames of a 66 atom trajectory. xyz will be a 100x198 matrix with each row containing c...

2018-12-28 10:30:26

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Gromacs读取二进制文件转化为可读十进制文件

近来用GROMACS做简正模式分析(NMA),做完之后,想做后续工作需要用到Hessian矩阵和特征值和特征向量。但是GMX输出的特征值是十进制格式,输出的Hessian(.mtx)和特征向量(.trr)都是二进制文件,无法直接读出。 结果花了好多天的力气,曾试图改GMX底层代码,看了好多天他的...

2018-12-27 10:41:01

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使用windows版Gromacs进行正则模分析

之前组里的服务器上安装的是4.5单精度版本GROMACS,结果自己试了好多天计算正则模都没有成功。我一直以为它是双精度的,结果今天打开log一看,惊呆了,是我一直搞错了。迫于很急,自己对于linux安装软件也不熟悉,果断下了一个双精度版本的win版GMX,结果发现异常好用,下面写一下我用来计算正则...

2018-12-18 13:39:11

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如何做一名优秀的博士生:(二)方法论的转变

【序: 本文主要来自我在2008年清华大学研究生入学教育里一次2.5小时的讲座,又综合了一些随后的思考和总结。在那次讲座中,我一再强调,我的目的不是要求研究生完全按照我讲的去做,而是希望从根本上冲击、振荡一下研究生的思考角度,启发大家找到最适合自己的成才之路。本文比较长,将分四部分陆续在博客上发表...

2018-08-29 15:43:14

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如何做一名优秀的博士生:(一)时间的付出

转载自科学网-施一公的博客 【 序:我从获得博士学位至今已经整整16个春秋,但博士阶段的感受仍然历历在目。我从指导自己独立实验室的第一个博士生到现在也已经13年了,其中的博士研究生和博士后中已经有11人在美国和中国的大学里担任独立实验室的PI。他们的成长过程差别极大,性格、能力也各有不同。应该说...

2018-08-29 15:42:38

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博士生的基本素养

看了一篇文章,感悟很深。作为博士生,做到以下几点是必要也是必须的。加油,接下来四年希望自己能做的更好!努力工作,把事做完要有责任心要来办公室干活不要羞于讨论自己的研究工作注意细节保持专注要有耐心要谦虚要友善,广交友不要树敌不要不懂装懂沟通清楚向导师报告进度教育你的导师尊重导师的时间向导师提问享受生...

2018-06-10 09:45:53

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研究生,请不要不快乐

来实验室做毕设的学妹最近很抑郁,见到人打招呼也不像以前那么热情。一问,才知道她考外校复试被刷了,去年秋招时为了考研错过所有招聘,没想到转眼间,自己就已无路可走。“没关系啊,还有春招呢。好好找总有机会的。”我们都安慰她不要担心,毕竟除了考研失利,她的成绩还是很不错的。“可我不想工作,本科出来去不了大...

2018-06-09 09:14:55

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起风了,唯有努力生存

《起风了》音乐链接起风了,唯有努力生存。愿你出走半生,归来仍是少年。年少的我因为沉溺于世界之大,对这个世界充满了无限憧憬与向往,便随风而动,一个人离开最初的地点,只身一人踏上征程,即使是要赴汤蹈火也要在这个世界上走过一遍。于是这一路上,我一个人走走停停,也在多年的漂泊中得以见识世界之大。后来,起风...

2018-06-09 09:11:40

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博士毕业,只能做科研吗?

原创 PhDPlanet 2018-04-28作者 Richard一般来说,博士就是科研道路的开始,读博的人大都有一颗献身科研的心。因此常常听人说“不以科研为目的的读博就是耍流氓”,个人认为说这种话的人已经out了,可能不了解读博在这个社会的现状。如果每个毕业的博士都去搞科研,中国就算再建一百所高...

2018-06-09 09:08:44

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生物信息学分析常用网站

1.  BLAST(核酸蛋白序列比对):https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2.  miRBase(miRNA数据库网站):http://www.mirbase.org/3.  PlantCARE(启动子元件分析网站):    http://bioinf...

2018-06-09 09:07:34

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分子动力学系综小结 (转)

系综(ensemble) 是指在一定的宏观条件下(约束条件),大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。全称为统计系综。系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时引入的一个基本概念;系综是统计理论的一种表述方式,系综理论使统计物理成为普遍的微观统计理论 ;系综并不是实际...

2018-06-09 09:06:54

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NAMD靶向分子动力学模拟Target molecular dynamic stimulation(附conf文件)

下面附上靶向分子动力学的conf文件,具体问题具体分析,参数根据自己体系进行修改。TMD比常规MD的conf不同就在于EXTRA PARAMETERS 这部分多了一些参数。具体设置可参考上述TMD介绍。conf:###########################################...

2018-06-07 17:08:35

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carma相关命令

carma-分子动力学分析软件RMSD矩阵###只有ca原子的RMSDcarma64 -verbose-cross -segid P1 4eiy-com-D-1000.dcd 4eiy-cpwi.psfcarma64 -colour -< carma64.RMSD.matri...

2018-06-05 17:14:14

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VMD/NAMD命令/规则

添加周期性水环境package require solvatesolvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb-t (override with any of the following)-o (data will be written to output.psf/ou...

2018-06-04 19:43:34

阅读数 1182

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拆分整合轨迹CatDCD

CatDCD - Concatenate DCD files查看轨迹eq01.dcd和eq02.dcd 有多少帧 catdcd -num eq01.dcd eq02.dcd   拆分轨迹文件 catdcd -o eq_first.dcd -first 1000 -last 2000 -stride...

2018-06-04 14:47:09

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