txt转dump_Chipseq分析3: sra转fq

参考生信技能树

激活chipseq环境

conda activate chipseq

准备配置文件

点击一个样本，点All runs

选择旧版本，再点击runInfo table下载SraRunTablr.txt

重命名为sra.table, 用xftp上传的服务器sra目录下

查看第一行，把制表符改为换行符，每一列变成每一行， 然后查看行号

head -1 sra.table | tr '\t' '\n' |cat -n

这个方法适合列数多的情况，选择取哪一列

也可以肉眼看

less -S sra.table

也容易数晕

也可以随缘取出看看

cut -f 7,10 sra.table

这里我直接本地电脑整理好对应关系更方便，有重复的写成_1 _2

RNAPII_S5P_1    SRR391032RNAPII_S5P_2    SRR391033RNAPII_S2P_1    SRR391034RNAPII_S7P_1    SRR391035RNAPII_8WG16_1    SRR391036RNAPII_8WG16_2    SRR391037RNAPII_S2P_2    SRR391038RNAPII_S2P_3    SRR391039RNAPII_S7P_2    SRR391040H2Aub1_1    SRR391041H2Aub1_2    SRR391042H3K36me3_1    SRR391043H3K36me3_2    SRR391044Control_1    SRR391045Control_2    SRR391046Ring1B_1    SRR391047Ring1B_2    SRR391048Ring1B_3    SRR391049RNAPII_S5PRepeat_1    SRR391050

用xftp上传到服务器上

有了上面的配置文件就可以批量sra转fq文件

定义软件目录、和输出目录

dump='/home/data/vip30/miniconda3/envs/chipseq/bin/fastq-dump'analysis_dir='~/data/epi/chipseq/GSE34518/raw'

cat config|while read id;do echo $idarr=($id)srr=${arr[1]}sample=${arr[0]}# 单端测序数据的sra转fasqnohup $dump -A  $sample -O $analysis_dir  --gzip --split-3  sra/$srr & done 

原来代码是 sra/$srr.sra ,考虑到我下的sra文件，没有.sra后缀，我就写成sra/$srr

结果报错，--split-3  提示不存在这样参数，于是我改成了--split-e, 看文档说可以自动判断单端、双端测序

然后又报错说 注释有问题，我怀疑 -A  $sample 这个参数没有成功把注释信息取出来，就是config文件准备有问题，我猜测

没办法，另外找了个简单点办法，只是没有改名字

dump='/home/data/vip30/miniconda3/envs/chipseq/bin/fastq-dump'nohup ls SRR3910* |while read id; do $dump  --gzip --split-e $id ; done &

下载完毕

移动到raw目录

mv SRR*.fastq.gz ~/data/epi/chipseq/GSE34518/raw