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写在最前面:本文实属【投机取巧】,并非真正的解决方案,只是一个在【当你的电脑是Windows但又不得不用在OS或Linux环境下写的软件】的情况下不至于走投无路的一个办法。
简单说,就是用Colab。Colab是啥?简单来说,就是Google旗下的一个可免费使用GPU的code平台。很多介绍说它是GPU版本的jupyter notebook,我觉得不完全准确吧,因为它既可以跑R,也可以像本文所说,成为一个Linux虚拟机。(而且还可以用GPU,飞速跑代码的感觉怎一个爽字了得。)
回到我的初心,我是在使用LDSC遇到问题的时候误打误撞想到要用Colab的。一开始在配置LDSC的环境时,也就是这一步:
conda env create --file environment.yml
是不是会报错!说你的pybedtools无法安装。原因在于pybedtools只写了OS和Linux版本的,Windows下暂时还没有解决方案。
但是有了Colab一切都迎刃而解啦,只要你把原来在Linux上跑的代码前加个感叹号,就可以在Colab上畅通无阻地运行了。
例如原来的这几步:
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在Colab上运行以下代码:
!git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
!cd ldsc
运行conda之前需要先安装一下:(这里因为软件需要安装了python2.7)
!wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-2019.10-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Anaconda2-2019.10-Linux-x86_64.sh
!bash ./Anaconda2-2019.10-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!conda env create --file environment.yml
!source activate ldsc
!./ldsc.py -h
安装成功!终于可以自由地用LDSC了。