c++怎么输入esc_晶体结构不会解析怎么办？给你Olex2 初级指南

如果没有软件，那么可以登录官网www.olex2.org，下载对应的版本，本文设计的软件是64位版本的简介，(注意：1、所下载的软件压缩包，进行压缩包解压的话，把文件放置在一个没有中文路径名的文件夹里)

下面是老司机 lich666 使用一个例子进行逐步讲解，过程比较清晰明了，重点看处理的步骤！

1.  olex2 自带的 Sucrose 例子

双击olex2.exe 打开程序，可见如下界面，见图1-1。选择菜单栏中File>Open，此时弹出 Open File 对话框，继续选择我们的第一个例子 Sucrose，相应文件位于 D:\c\olex2-win64\sample_data\sucrose 中(假设 olex2 解压路径为D:\c\olex2-win64\，下同)，见图 1-2 选择 sucrose.ins，点击打开按钮，打开相应文件，如图 1-3 所示。右上角显示了元素组成、晶体学参数、数据完整度等数值。

图 1-1

图 1-2

图 1-3

这个数据虽然已经解析好，我们要从头解析一遍。点击 Work 选项卡，选择 Solve 选项卡后面的小三角，出现如下界面，如下图 1-4 所示。

图1-4

在 Solution Program 中选择 ShelXS，在 Solution Method 中选择 Direct Method。然后直接点击solve，进行解析，结果见下图 1-5 所示。

图 1-5

背景中显示 RE=0.175(如果显示不全，可以在程序最下方>>处输入 lines 50 然后回车)，同时前景图上显示多个褐色的圆球，这些圆球均为 Q 峰，且颜色深浅表示电子云密度的大小。通过滚轮上/下滚动可以增加/减少显示一个 Q 峰，滚动滚轮让屏幕中只显示适当的 Q 峰后点击Q to C按钮，如下图 1-6 所示，这就是解出的粗结构。

图 1-6

点击 Refine 按钮后的小三角refine，显示如下图 1-7 中界面。

图 1-7

将 Refinement Program 选择 ShelXL，然后按下refine按钮(也可以使用快捷键 Ctrl+R)进行精修。结果见下图 1-8 所示。

图 1-8

需要删除结构中多个大圆球，因为相应位置无原子。直接左键点击多个大圆球，选中后圆球变绿，如下图 1-9 所示。然后按下键盘上 Delete键可以直接删除原子。然后再多次按下refine精修多次，直到 Shift/esd 变绿为止，至此所有原子已经找出，接下来该指认原子类型。(如果有原子未找出，可以选中相应 Q 峰，再点击中CHO...中的C按钮，将相应 Q 峰指认成碳 C)

图 1-9

根据键长键角数据(将鼠标直接移到键上可以查看键长值)、Uiso 值(将鼠标直接移到原子上可以查看 Uiso 值)、Q 峰可以明显判断出哪些原子为氧原子，点击选中这些原子，见下图所示。然后点击CHO...中 O 按钮可以将相应原子标记成 O。标记后这些原子变成红色(olex2 中默认氧原子显红色)见下图直到 Shift/esd 变绿为止。

图 1-10

图 1-11

所有原子类型指认完成后进行各向异性精修，点击按钮，然后再多次按下refine精修多次。直到 Shift/esd 变绿为止。 结果见下图 1-12 所示。由于本数据分辨率尚可，从图中可以明显看出 Q 峰位置即为氢的位置。

图 1-12

各向异性精修后进行加氢，点击add H按钮，然后再多次按下refine精修多次。直到 Shift/esd 变绿为止。结果如下图 1-13 所示。加氢的时候建议将按钮前的勾去掉，这样加氢后不直接进行精修，可以检查。如果有原子上没有加氢，可以手动加氢，选择菜单中Mode>HFIX>选择氢类型，然后点击相应原子加氢，加完后按 ESC 退出 Mode 模式。如果有原子上不该加氢，可以直接点击相应氢删除(注意：氮原子上经常多加氢)。如果有原子上氢类型指定错误可以先删除氢再使用上述 HFIX 加氢。

图 1-13

最后精修权重，选择 Weight 后的方框，使其打钩。然后再多次按下精修refine多次。直到 Weight 中两个数值变绿为止。精修工作到此结束。如果需要更改原子编号选择 Work>Naming。如下图 1-14 所示。

图 1-14

Start 表示从几号开始，必填。Suffix 表示下标，选填。Type 表示原子类型，必填。然后把 Automatic Hydrogen Naming 后面打钩。填完后按 Name 按钮开始点击命名。每命名一个原子，原子编号自动加 1。命名完成后点击 ESC 退出命名 Mode。Refine 一次所有原子命名就改了。

所有都更改完毕后点击最上方按钮，输入 acta、conf、bond $h等指令然后refine 一次生成cif。生成cif 后，点击左上方按钮

可以使用platon验证 cif，也可以在下方>>处输入spy.olexplaton(U)验证，两种方法均需要照 0.2 中配置 platon。验证结果在下方>>输入 edit chk 查看。

之前已经发布了不少Olex2的使用方法和技巧，但是都是需要对于Olex2比较熟悉的情况下，才能运用的比较好，关于Olex2的使用初级资料较少，本文是lich666毕业之际的沥血之作，大公无私的分享在网络上，以供大家参考学习，在此表示衷心感谢！

后续会更新Olex2的高阶应用指南和非常多的使用技巧，以及实战分析案例，以供大家参考与讨论，如果喜欢就点击关注我们吧！

拓展阅读(XPS+TEM+XRD干货教程及资料)

1、XPS原理及分析软件Casaxps的使用说明

2、全套TEM衍射标定方法(单晶+孪晶)

3、粉末XRD解单晶详细的测试条件及分析方法

4、Diamond软件使用教程(一): 基础操作

5、QQ科研交流群 729213001 

备注：

1. 由于小编学识有限，如有疏漏与谬误，恳请批评并留言指正！

2. 本文版权归学研加所有，投稿转载请与我们联系！(QQ/微信：3403474166)

3. 本文所涉及图文、视频仅用于科研交流，请勿作为商业用途，如涉及版权问题，请与我们联系！

4. 欢迎大家到学研加宣传相关科研成果，投稿邮箱tougao_xueyanhui@163.com

学研汇-微信单晶解析交流群(可扫码添加小编加入群聊)

老司机lich666在等你哦！

往期回顾

1、Science: 磁单分子传感器自旋相互作用的探测和成像

2、Nature Energy: 水系钾离子电池研究取得重要进展

3、2019年第三篇扛鼎之作，大牛Andrew Dzurak发力Nature

4、Nature重磅，电催化固氮的发文章模式需要改变了

5、想把MOF和COF做到一起吗？这两篇文章也许会给你答案

6、江苏师大Nature子刊：双壳层多孔N,S-C/ In2O3纳米棒及其光催化应用

7、武大庄林课题组EES: 一节锂电池实现CO2的工业级转化

8、崔屹Nat Nanotech: 超薄柔韧纳米微孔固态电解质用于锂电池

9、北大物理学院颜学庆教授获全球加速器大会Hogil Kim奖