postgwas r语言_【R语言】利用RCricos绘制简单圈图

Circos图是在基因组相关的分析结果展示中非常常见的一类图型。由于Circos图中展示的信息量大，图形十分美观，很多文章中都会绘制类似的图形。从图形的内容来看，Circos图实际是将多个类型的图片，包括散点图、直方图、折线图、热图等，经过变形以后叠加显示在染色体上。本质上是多个图形的组合。

在R语言中，RCircos这个软件包可以实现快速生成Circos图片。接下来，我们就来看看怎样用R来绘制圈图。

1、基础绘图

# 加载RCicos，如果第一次使用，需要先安装

install.packages('RCircos')# 读取R包

library(RCircos)# 导入内建人类染色体数据

data(UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram)

# 数据内容如上图；第一列 染色体编号；第二列 染色体片段起始位点；第三列 染色体片段结束位点；第四列 染色体片段编号；第五列 染色体片段颜色

# 这个数据是RCicos内置的人类染色体信息，第四列和第五列信息用于展示染色体的核型。可以省略。

# 设置染色体数据

cyto.info 

RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude=NULL,tracks.inside=10, tracks.outside=0 )

# chr.exclude=NULL;  设置不显示的染色体，如 c(1,3)

# tracks.inside=10;  设置内部环形个数

# tracks.