sample等价是什么错误_一个复制粘贴引发的有趣小错误及思考

 今天是生信星球陪你的第481天

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   大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

   就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

   这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于19.11.5
这次的推送要感谢小郭(帮我看到了一个非常容易忽视的错误)和花花(帮我处理了一个简单但有用的脚本)
又让我有了新的发现

问题是这样滴

我的需求

我想下载SRA 数据，然后需要构建一个配置文件(也就是一列是SRA ID)，一列是样本名称。这样做的目的是为了后面使用fastq-dump 进行SRA转fq文件的结果更易懂

# 比如原来的一个sra是SRR391032.sra。如果只使用默认的fastq-dump参数，结果就是
SRR391032.1.fastq.gz
SRR391032.2.fastq.gz
# 但这样的数据多了，我们就分不清哪个数据对应哪个样本，于是需要在转换过程中就将样本名对应到fq文件上
# 例如构建这样一个config，第一列是SRR ID，第二列是sample
# config文件就长这样(举个例子)
SRR391032 WT-1
SRR391033 WT-2
SRR391034 TRT-1
SRR391035 TRT-2

现在找到GEO：https://www.ncbi.nlm.nih.gov//geo/query/acc.cgi?acc=GSE102339

进来就能看到一些sample和GSM的对应信息：