python批量检索文献pubmed_如何使用PubMed高效检索文献

PubMed是美国国家医学图书馆下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，是国际公认、首选生物医学文献免费检索系统，也是许多医学科研人员最常用的信息检索系统。高效利用PubMed可以让科研过程事半功倍。下面就让小诺带大家了解一下如何用PubMed进行文献检索吧。

首先打开PubMed的主页，网址https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/。打开主页后可以看到下面这个简洁大方的界面

我们先来尝试一下最基本的普通检索，在页面上方的输入框中输入要检索的检索词，点击Search，即可进行简单检索。以肺癌“lung cancer”为例。下图为普通检索“lung cancer”所得到的结果：

在检索结果页面中，我们可以看到根据检索词所搜到的文献列表，这些文献有的可以看到全文，有的只有摘要。根据我们关注的角度，可以在页面中按需求设置检索结果的排序方式，比如可以按日期、相关程度、作者、期刊名等等进行设置。

在左侧的检索字段选项里，可以对检出结果进行限定，比如全文/摘要、文献类型、研究类型等等，通过这些设置进一步检索我们需要的文献。在确定好检索结果后，可以通过输入框下方的“save”键进行检索结果的导出。

当然，PubMed是一个功能很强大的数据库，学会基本检索就像开枪只会扣动扳机一样简单，接下来我们了解一下如何使用准星去瞄准目标——高级检索。

举个简单的例子，研究利妥昔单抗治疗类风湿关节炎疗效。先确定检索词，这里我们要研究的对象是类风湿关节炎(rheumatoid arthritis)，干预措施是利妥昔单抗(rituximab)，我们先在高级检索框里对这两个词进行检索。

那么在哪儿进行高级检索呢？我们还是回到PubMed网址的首页，点击检索框下方的Advanced检索入口，进入高级检索界面。

1)在检索框里输入检索词rituximab，在左侧的下来菜单里设定检索字段，点击ADD，创建一条检索式。经过主题词MeSH检索，我们发现rituximab是一个MeSH，那么我们在左侧检索字段里设定为Mesh Terms。

2)除了MeSH以外，rituximab还有许多自由词，我们可以在Title/Abstract里进行查找，词和词之间用” OR “进行连接。小伙伴们可以看下面的图，同样是输入检索词，设置好检索字段，然后在检索框后面的下拉菜单里选择“OR”点击，这样输入的检索词就添加到下面的检索式中了，是不是很简单呢？

3)当所有的检索词都添加好以后，可以直接点击“Search”,也可以点击“Add to history”添加检索历史，检索文献的同时记录检索策略。在这里我们可以看到，有关利妥昔单抗的文献，在PubMed里面检出了一万五千多篇。

同理可得类风湿关节炎rheumatoid arthritis相关文献。

4)将两次检索的结果用“ AND ”进行连接，得出利妥昔单抗治疗类风湿关节炎的相关文献。

另外，我们还可以通过对研究设计类型的限定对文献进一步缩小检出文献的范围，相应的各种研究设计检索策略已经有文献检索专家写好了，有兴趣的小伙伴可以上网搜一下search filters，无数医学文献检索前辈的智慧结晶就在那里，等着你去发现，选择最适合你的，然后copy-paste&search。

关于如何使用PubMed进行文献检索就先介绍到这里，最后做一个小小的总结(见下图)。

转自：小诺科研微信公众号