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RSS订阅原创 heatmap.2()获得聚类之后的矩阵
在做heatmap聚类之后，常常因为一些分析，需要获取聚类后的矩阵。这里分享一种刚刚学习到的方法。该方法基于heatmap.2的hierarchical clustering聚类。首先产生随机数据作为演示,生成的数据如下(因为是随机生成，所以数字会不一样)> before <- matrix(rnorm(50), 10, 5, dimnames=list(paste(...
2019-11-15 22:59:58
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原创 怎样在heatmap中使用多种cluster方法
生物信息学中经常使用R 来画图，而R画heatmap的功能是非常强大的。通常，我的习惯是使用gplots包中的heatmap.2函数来进行画图。不过这个函数中不能对聚类分析（clustering）到方法进行调整，于是，小小写一段代码即能使用不同的聚类分析方法来对heatmap进行聚类整合。 1 # There are 7 methods to make cluster in the func...
2019-11-15 22:55:26
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原创 兔子走遍世界——物理学视角下的采样方法
曾经有过一个「有志气的兔子」的故事，相信很多朋友都听过：为了找出地球上最高的山，一群有志气的兔子们开始想办法：兔子朝着比现在高的地方跳去。他们找到了不远处的最高山峰。但是这座山不一定是珠穆朗玛峰。这就是局部搜索，它不能保证局部最优值就是全局最优值。兔子喝醉了。他随机地跳了很长时间。这期间，它可能走向高处，也可能踏入平地。但是，他渐渐清醒了并朝最高方向跳去。这就是模拟退火。兔子们吃了...
2019-04-07 15:47:03
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原创 Linux 系统使用总结
1 登陆某个节点 SSH compute-3-12 环境变量设置 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
2018-07-24 19:40:49
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原创 TensorFlow教程：快速入门深度学习五步法（附Keras实例）
5步法：构造网络模型编译模型训练模型评估模型使用模型进行预测4种基本元素： 网络结构：由10种基本层结构和其他层结构组成激活函数：如relu, softmax。口诀: 最后输出用softmax，其余基本都用relu损失函数：categorical_crossentropy多分类对数损失binary_crossentropy对数损失mean_squared_error平均方差损失mean_absol...
2018-07-04 20:38:24
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翻译 使用tensorboard来使训练过程可视化
# 1. 由之前的各种运算得到此批数据的lossloss = ..... # 2.使用tf.scalar_summary来收集想要显示的变量,命名为losstf.scalar_summary('loss',loss) # 3.定义一个summury op, 用来汇总由scalar_summary记录的所有变量merged_summary_op = tf.merge_all_summaries()...
2018-04-03 16:24:23
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翻译 TensorFlow优化算法简介
1. 随机梯度下降法SGD：tf.train.GradientDescentOptimizer 收敛速度不如其他优化算法2. Adadelta：tf.train.AdadeltaOptimizer 使用Adadelta我们甚至不需要设置一个默认学习率，在Adadelta不需要使用学习率也可以达 到一个非常好的效果。3. Adagradtf.train.AdagradOptimizer 它是基于SG...
2018-04-02 21:49:44
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空空如也
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