eolinker开源版5_开源版和试用版pymol的安装

■2020-04-20 21:47:36

pymol很多人都在用, 我以前^[1]也整理过其安装流程. 这里重新整理一下开源版和使用版pymol的安装流程, 供需要的人参考.

这篇说明的另一个目的是测试一下图片PPT式的教程比起图片+文字版来是否更有优势. 你可以点击任意一张图片, 看看效果.

开源版pymol的安装

先给出我笔记本的配置, 11年前了老机器了, 你的机器大概率比我的好.

下载Miniconda^[2].

我装的是Python 3.7的Miniconda3 Windows 64-bit, 目前版本为Miniconda3 4.8.2. 不再建议使用Python 2.7版本的了, 毕竟那个时代终会过去, 早点适应吧.

也可以安装Anaconda代替, 但我不使用Anaconda作为python环境, 只作为pymol的环境, 这样的话, Anaconda带有很多我不需要的功能, 太大了.

安装Miniconda. 我安装到F盘.

下载pymol相关文件^[3], 需要的有3个:

■numpy-1.18.2+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl■Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl■pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

将下载的pymol相关文件放到安装【Miniconda安装路径】\Scripts\ 下

在【Miniconda安装路径】\Scripts\下打开cmd, 或其他终端, 依次执行:

1.pip install numpy-1.18.2+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl2.pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl3.pip install pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

正常安装完成后, 会出现一个pymol.exe.

三个安装文件可删可留, 随你意.

双击打开pymol.exe测试一下, 可以看到是开源版的, 老式的界面.

试用版pymol的安装以及...

到pymol官方网站^[4]直接下载免安装版(第二个), 目前为PyMOL-2.3.4_121-Win64-portable-py37.zip.

直接解压. 我放到E:\PyMOL2.3.4.

完成后, 可以看到PyMOLWin.exe. 这是个32位的启动程序. 双击就可以了.

运行后可以看到, QT界面, 30天的试用版. ray之后的图片带有水印.

这个水印还是容易去除的. 这么说, 是因为我已经知道怎么做了, 所谓会者不难. 我之前的做法^[5]死活不成功, 是因为找错了位置. 透漏这点信息, 就足够了.

外部链接

[1] 以前: https://jerkwin.github.io/2015/12/01/PyMOL%E7%9A%84%E4%BD%93%E6%95%B0%E6%8D%AE%E6%B8%B2%E6%9F%93/[2] Miniconda: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html[3] pymol相关文件: https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source[4] pymol官方网站: https://pymol.org/2/[5] 之前的做法: https://jerkwin.github.io/2020/04/18/%E5%88%86%E5%AD%90%E6%A8%A1%E6%8B%9F%E5%91%A8%E5%88%8A-%E7%AC%AC_15_%E6%9C%9F