eolinker开源版5_CentOS安装免费开源PyMOL的过程

PyMOL是著名可视化软件，现在由Schrödinger开发、支持和管理，适用于创作高质量的小分子或生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。从用户数分布来看，PyMOL用户数量在几大可视化软件中排名第一（PyMOL (37%)，VMD (19%)，Chimera (12%)^[1]）。

本文记录在CentOS上安装PyMOL的过程。

系统：CentOS 7

环境：Python 3

PyMOL：2.4.0

0. PyMol版本对比

PyMOL分为企业版、政府和学术版、教学版，以及开源版。除了开源版和教学版外，其他都是需要付费购买的。付费的官方版集成了APBS、RigiMOL、MPEG编码器、小分子能量最小化引擎，以及相应的技术支持、最新的使用文档等。免费开源版与付费版的对比见此链接。

本文安装的是开源版。（废话

1. 配置环境

安装PyMOL前需要安装以下库：

• C++11 compiler (e.g. GCC 4.7 及以上)
• Python (包含 distutils)
• Pmw (Python Megawidgets, 可选, 用于 GUI/插件)
• OpenGL driver (我用的 NVidia)
• GLEW
• GLUT/freeglut (可选, 用--glut激活)
• libpng
• freetype
• libxml2 (可选, 用于 COLLADA 支持, 用 --no-libxml取消)
• msgpack-c 2.1.5+ (可选, 用于快速 MMTF 加载, SVN r4167新增, 用 --use-msgpackc=no取消)
• PyQt5, PyQt4, or PySide (可选, 如果带--glut编译的话会回到 Tk interface )
• glm
• mmtf-cpp (可选, 用于 MMTF 支持, 用--use-msgpackc=no取消)

输入如下命令完成所有库的安装（可能需要sudo）：

yum install gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel 
  freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel glm-devel

2. 获取最新源码

git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.git
git clone https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.git
mv mmtf-cpp/include/mmtf* pymol-open-source/include/
cd pymol-open-source

注：需要Python 3.6+。若需兼容Python 2.7，用旧版Py2。

3. 非标准路径库

可选：用 $PREFIX_PATH 变量指定 setup.py 到非标准库和头文件的路径。这些路径应包含 include 和 lib 目录。

4. 编译和安装

以默认用户身份，将 PyMOL 安装到系统。

#!/bin/bash -e

prefix=你的PyMOL安装目录

# Example for dependencies in non-standard places
# export PREFIX_PATH="$HOME/extra/glew-2.0.0:$HOME/extra/libpng-1.6.5:/opt/local"

python setup.py build install --home=$prefix

安装完成后编辑.bashrc文件，加入如下内容：

export PATH=$PATH:"PyMOL安装目录/bin"

即可在任意位置执行如下命令启动：

pymol

5. 安装插件

安装完成后在Plugin>Plugin Manager选项下安装插件。

有些插件(e.g. Autodock)需要numpy库，需要什么库就安装什么库即可（必要时sudo）：

pip install numpy

注：如果提示“Optimize plug-in needs openbabel to be installed in your system, please follow the instructions at http://openbabel.org/wiki/Get_Open_Babel”这个错误而无法启动优化插件的话，除了要安装openbabel之外，还要安装python-openbabel，如下：

sudo yum install openbabel python-openbabel

6. 其他问题

• 安装完成后记得删除"build"目录。如果"git pull"改动了头文件的话就必须删了。
• 如果你用配NVIDIA显卡的Ubuntu的话，渲染可能会出问题，例如像素化发黑等稀奇古怪问题。可在Ubuntu community Nvidia Drivers How To找到安装NVIDIA专用驱动程序的指南。

7. 参考文档

https://pymolwiki.org/index.php/Linux_Install​pymolwiki.org 鲨鱼河：免费开源版PyMOL安装​zhuanlan.zhihu.com

科学网-Windows下如何安装PyMOL - 周婷婷的博文​blog.sciencenet.cn

参考

1. ^http://blog.sciencenet.cn/blog-303373-616144.html