r语言转python,R语言与python语言读写loom文件

最近越来越多的分析需要用到loom文件，其中主要是python的数据分析以及RNA速率分析的时候，格式之间的转化需要我们分析一下，这里分享给大家R及python对于loom文件的操作

R语言读取loom文件

读取loom文件的软件主要是RNA速率分析的软件velocyto.R

不过这里注意R语言读取loom需要hdf5r，比较难装，大家可以多研究一下,这里提供一个例子

hdf5r安装

###安装hdf5r

curl -O https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.1/src/hdf5-1.10.1.tar

cd hdf5-1.10.1

./configure

make -j4

make check

make install

library(velocyto.R)

data

R语言创建loom文件

rds转换成loom

library(SCopeLoomR)

library(Seurat)

#creat directory

if (!dir.exists(paste0(outdir,'/input'))){

dir.create(paste0(outdir,'/input'))

}

data1

barcode

#seurat3_nonsingle and single

data2

m

data3

#build_loom

setwd(paste0(outdir,'