Python导入第三方库loompy遇到的问题

最新推荐文章于 2024-02-28 23:04:43 发布
最新推荐文章于 2024-02-28 23:04:43 发布
阅读量814 收藏
点赞数
分类专栏： problem
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/phantom323/article/details/104497303
版权

1、直接用pip install loompy

  不出意料的一直出问题

2、离线下载包导入电脑

地址：https://github.com/linnarsson-lab/loompy

进入到下载此包地址，  可以找到setup.py文件，键入python setup.py build命令先进行编译。但是还是出问题了，点开setup.py发现这个包有问题，download这行多了个f。（= = 说明GitHub还有Pypi上这些包原来不是绝对正确的啊，还是要掌握自己看源码能力。）

删掉f，再依次进行python setup.py build和python setup.py install命令便成功 下载好loompy这个包了

phantom323
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
r语言转python,R语言与python语言读写loom文件
weixin_39650994的博客
03-27 1928
最近越来越多的分析需要用到loom文件，其中主要是python的数据分析以及RNA速率分析的时候，格式之间的转化需要我们分析一下，这里分享给大家R及python对于loom文件的操作R语言读取loom文件读取loom文件的软件主要是RNA速率分析的软件velocyto.R不过这里注意R语言读取loom需要hdf5r，比较难装，大家可以多研究一下,这里提供一个例子hdf5r安装###安装hdf5rc...
python第三方库安装工具.zip
08-15
批量安装和卸载Python第三方库 本程序前提条件是：可以在cmd命令里使用 pip 命令 例如：(numpy 是你要安装的第三方库 test.py是任意一个python文件)
自动高速下载python第三方库.zip
01-26
快速安装python第三方库，适合从事python的开发人员
单细胞 | RNA速率 · scVelo
生信练习生
02-16 448
1.准备数据：从seurat对象中提取metadata（R中运行）2.运行RNA速率并可视化。
文献阅读 | Molecular Architecture of the Mouse Nervous System
weixin_30709809的博客
07-15 232
文章亮点： 按level来管理和分析数据，文章有不同stage，每个stage有不同subtype，这应该是一个真tree，而不只是一个进化树，文章里出现最多的进化树把所有的stage都整合了。 空间归类和taxonomy的工作，mapped cell types spatially and derived a hierarchical, data-driven taxonomy 神经元按解...
数据存储格式——LOOM
weixin_54379099的博客
11-18 550
一个loom包含6各部分，一个数据集（matrix），以及5个组layersrow_attrscol_attrsrow_graphs, andcol_graphs。
Python库 | loompy-2.0.6.tar.gz
03-08
python库。 资源全名：loompy-2.0.6.tar.gz
python安装包方式汇总
sinat_41348401的博客
09-20 9786
python安装包方式汇总
velocyto | scRNA速率计算方法
weixin_57699783的博客
04-26 1856
初学者还不太了解其中原理与步骤，谨记录本人的操作流程与学习心得，抛砖引玉供赏之。 官网教程： Tutorial — velocyto 0.17.16 documentationhttp://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/ 大致流程： 1、将bam文件转化为loom文件 2、将loom文件转化为seruat对象 3、对数据进行标准化降维聚类分析 4、计算scRNA速率 5、展示分化方向 安装操作： 1、配置环境：（官网上提供几种下载方法，我选的是Ins
PyPI 官网下载 | loompy-0.20.10.tar.gz
01-28
资源来自pypi官网。 资源全名：loompy-0.20.10.tar.gz
深入浅析python的第三方库pandas
09-17
主要介绍了python的第三方库pandas的相关知识，本文给大家介绍的非常详细，具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下
python第三方库
06-02
python的第三方库，在开发中很有用，可以节省很多不必要花费的时间，人生苦短，我用Python。之前有上传过一个第三方库文档，可与之配套参考。
1000+Python第三方库大合集
09-15
1000+Python第三方库大合集
Python爬虫框架，内置微博、自如、豆瓣图书、拉勾、拼多多等规则
weixin_34008805的博客
09-08 421
PyLoom想为有价值的网站编写爬虫，让开发者便捷地获取结构化的数据。 PyLoom由三个部分组成， 框架，减少编写、运行、维护爬虫的工作量。 爬虫，寻找有价值的目标为其开发爬虫，并维护既有爬虫的可用性。 预期19年底，PyLoom将拥有围绕电子商务、房屋租售、社交网络、新闻媒体的数十个爬虫。 升级爬虫，对于频繁使用的爬虫，增强其能力 增强定制能力，例如支持限定地区、类别、关键字抓取...
【R包报错】使用sceasy包转换rds文件与h5ad文件报错PyType_GetFlags
最新发布
weixin_40695088的博客
02-28 494
【代码】【R包报错】使用sceasy包转换rds文件与h5ad文件报错PyType_GetFlags。
python导入第三方库之后爆红
07-18
### 回答1： 当导入第三方库时，出现红色警告通常是由于以下几个原因引起的： 1. 模块名称错误：检查你导入的第三方库的名称是否正确，确保没有拼写错误或者在导入时错误地使用了大小写。 2. 未安装第三方库：如果你没有安装所需的第三方库，试图导入时就会出现红色警告。你可以使用pip命令来安装所需的库，例如：`pip install 第三方库名称`。 3. 版本冲突：如果你导入的第三方库与其他已经安装的库存在版本冲突，也可能导致红色警告。在这种情况下，你可以尝试升级或降级一个或多个库的版本来解决冲突。 4. 环境问题：有时，环境配置不正确也可能导致红色警告。确保你的开发环境配置正确，并且所有的必要依赖项都已正确安装。 5. IDE设置问题：有些集成开发环境（IDE）或文本编辑器可能会在导入第三方库时显示红色警告，而实际上并没有错误。这可能是由于IDE的自动检查机制造成的。在这种情况下，你可以忽略这些警告，只要你确保代码能够正常运行即可。 总的来说，当Python导入第三方库之后爆红，通常是由于模块名称错误、未安装库、版本冲突、环境配置问题或者IDE设置问题所致。仔细检查以上可能的原因，并采取适当的解决方案来解决这些问题。 ### 回答2： 当你在Python中导入第三方库后，在代码编辑器中可能会出现红色的波浪线或者错误提示。这通常是由于以下几种情况造成的： 1. 未正确安装库：你必须先通过pip或conda等工具正确安装第三方库。如果没有正确安装，Python无法找到并导入该库，从而导致红色错误提示。 2. 版本不兼容：第三方库可能与你当前使用的Python版本不兼容，或者与其他已经安装的库发生了冲突。这可能导致一些函数、方法或语法不被识别，从而引起红色错误提示。 3. 导入命名冲突：有时两个不同的库使用相同的名称，这可能会导致冲突。例如，如果你导入了两个库，它们都有一个名为"utils"的模块，那么Python就无法确定使用哪个库的"utils"模块。 解决这些问题的办法如下： 1. 确保正确安装了需要导入的第三方库。可以使用pip install或conda install命令进行安装。确保使用正确的命令和库名称。 2. 检查库的兼容性和与其他库的冲突。查看该库的文档或官方网站以了解其支持的Python版本，并检查与其他已安装库的冲突情况。如果发现问题，你可以升级或降级库的版本，或者选择其他兼容的库。 3. 使用完整的导入语句来解决命名冲突。你可以通过使用完整的库名称来明确导入的是哪个库的模块。例如，使用"import library1.utils"和"import library2.utils"来明确导入的是哪个库的"utils"模块。 总之，当你导入第三方库后出现红色错误提示时，你应该仔细检查是否正确安装了库、库的兼容性和与其他库的冲突情况。根据具体情况采取相应的解决办法，以确保能够成功导入并使用第三方库。 ### 回答3： 当我们在Python中导入第三方库时，如果出现“爆红”错误，一般是由以下几种情况引起的： 1. 没有正确安装第三方库：在使用第三方库之前，我们需要先通过pip命令或其他方法将其正确安装在我们的Python环境中。如果没有安装该库或者版本不匹配，就会导致“爆红”错误。 2. 导入的库名错误：Python是区分大小写的，所以我们在import语句中需要确保库名的大小写与实际的库名一致。如果导入的库名与实际库名不一致，就会导致“爆红”错误。 3. 导入的库不存在：有时候我们尝试导入一个并不存在的库，就会导致“爆红”错误。这可能是因为我们拼写错误，或者库名不正确，需要仔细检查。 4. 环境变量配置错误：有些第三方库需要配置环境变量，以便Python能够正确找到它们。如果没有正确配置环境变量，就会导致“爆红”错误。 5. 与其他库冲突：有时候我们导入的第三方库与其他库产生冲突，可能会导致“爆红”错误。此时，我们可以尝试升级或降级库版本，或者使用虚拟环境来隔离不同库的环境。 当我们遇到“爆红”错误时，首先需要检查是否正确安装了相关库，并确认库名的大小写是否一致。如果问题依然存在，可以尝试重新安装库或者升级版本。如果问题仍然无法解决，可以在网上搜索相关资料或向社区寻求帮助。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值