r语言ggplot怎么把多个维度数据合并在一个图中表示_R学习：R for Data Science（二）...

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TCGA数据分析课程：生物信息学教学

R语言学习系列
昨天我们开始了R for Data Science这本书的学习，今天我们来继续学习

R学习：R for Data Science（一）

分面

添加额外变量的一种方法是使用图形属性。另一种方法是将图分割成多个分面，即可以显示数据子集的子图。这种方法特别适合添加分类变量。

library(tidyverse)
library(ggplot2)
a=mpg#查看mpg

要想通过单个变量对图进行分面，可以使用函数facet_wrap()。其第一个参数是一个公式，创建公式的方式是在 ~ 符号后面加一个变量名（这里所说的“公式”是R中的一种数据结构，不是数学意义上的公式）。传递facet_wrap()的变量应该是离散型的。

ggplot(data = mpg) +
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
  facet_wrap(~ class, nrow = 2)

要想通过两个变量对图进行分面，需要在绘图命令中加入函数 facet_grid()。这个函数的第一个参数也是一个公式，但该公式包含由~隔开的两个变量名。

ggplot(data = mpg) +
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
  facet_grid(drv ~ cyl)

如果不想在行或列的维度进行分面，你可以使用 . 来代替变量名，例如 + facet_grid(. ~cyl)。

ggplot(data = mpg) +
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
  facet_grid(.~ cyl)

几何对象

两张图有同样的 x 变量和 y 变量，而且描述的是同样的数据。但这两张图并不一样，它们各自使用不同的可视化对象来表示数据。在 ggplot2 语法中，我们称它们使用了不同的几何对象。

几何对象是图中用来表示数据的几何图形对象。我们经常根据图中使用的几何对象类型来描述相应的图。例如，条形图使用了条形几何对象，折线图使用了直线几何对象，箱线图使用了矩形和直线几何对象。散点图打破了这种趋势，它们使用点几何对象。如上面的两幅图所示，我们可以使用不同的几何对象来表示同样的数据。左侧的图使用了点几何对象，右侧的图使用了平滑曲线几何对象，以一条平滑曲线来拟合数据。

要想改变图中的几何对象，需要修改添加在 ggplot() 函数中的几何对象函数。举例来说，要想绘制出上图，你可以使用以下代码：

ggplot(data = mpg) +
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy))

ggplot(data = mpg) +
  geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy))

ggplot2 中的每个几何对象函数都有一个 mapping 参数。但是，不是每种图形属性都适合每种几何对象。你可以设置点的形状，但不能设置线的“形状”,而可以设置线的线型。

geom_smooth() 函数可以按照不同的线型绘制出不同的曲线，每条曲线对应映射到线型的变量的一个唯一值：

ggplot(data = mpg) +
  geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy, linetype = drv))

ggplot2 提供了 30 多种几何对象，其扩展包甚至提供了更多。如果想全面地了解这些对象，最好的方式是学习 ggplot2 速查表（文章末尾有获取方式）。如果想掌握更多关于某个几何对象的知识，那么可以使用帮助，如 ?geom_smooth。

和 geom_smooth() 一样，很多几何对象函数使用单个几何对象来表示多行数据。你可以将这些几何对象的 group 图形属性设置为一个分类变量，这样 ggplot2 就会为这个分类变量的每个唯一值绘制一个独立的几何对象。实际上，只要将一个图形属性映射为一个离散变量，ggplot2就会自动对数据进行分组来绘制多个几何对象。

ggplot(data = mpg) +
  geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy))

ggplot(data = mpg) +
  geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy, group = drv))

ggplot(data = mpg) +
  geom_smooth(
    mapping = aes(x = displ, y = hwy, color = drv),
    show.legend = FALSE
  )

要想在同一张图中显示多个几何对象，可以向 ggplot() 函数中添加多个几何对象函数：

ggplot(data = mpg) +
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
  geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy))

但是，这样代码就产生了一些重复。假如你想将 y 轴上的变量从 hwy 改成 cty，那么就要在两个地方修改这个变量，但你或许会漏掉一处。避免这种重复的方法是将一组映射传递给 ggplot() 函数。ggplot2 会将这些映射作为全局映射应用到图中的每个几何对象中。换句话说，以下代码将绘制出与上面代码同样的图：

ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

如果将映射放在几何对象函数中，那么 ggplot2 会将其看作这个图层的局部映射，它将使用这些映射扩展或覆盖全局映射， 但仅对该图层有效。这样一来，我们就可以在不同的图层中显示不同的图形属性：

ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
geom_point(mapping = aes(color = class)) +
geom_smooth()

同理，你也可以为不同的图层指定不同的数据。下图中的平滑曲线表示的只是 mpg 数据集的一个子集，即微型车。geom_smooth() 函数中的局部数据参数覆盖了 ggplot() 函数中的全局数据参数，当然仅对这个图层有效：

ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
  geom_point(mapping = aes(color = class)) +
  geom_smooth(
    data = filter(mpg, class == "subcompact"),
    se = FALSE
  )

好了，今天就学到这。

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